My Online Backup
Assalamualaikum warahmatullahi wabarakatuh…
Ecce merupakan interface terbaik untuk nwchem. Dulu ecce didistribusikan secara tertutup, hanya staf dan dosen yang bisa mendownload namun sekarang ecce telah didistribusikan secara bebas.
Continue reading “running nwchem menggunakan ECCE”
Assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh..
Minggu lalu Debian 7.0.0 Wheezy sudah dirilis setelah dua tahun pengembangan. Yah, meskipun ini rilis baru tetapi pada dasarnya paket programnya masih tergolong lawas. Untuk mengupgrade Debian caranya sangat mudah cukup dengan menambahkan repository Debian 7 atau menambahkan repo DVD (apt-cdrom add) kemudian apt-get update, apt-get upgrade dan apt-get dist-upgrade. Btw, paket-paket program kimia di Debian itu termasuk lengkap lho.
Continue reading “Debian 7 wheezy and chemistry packages”
Assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh..
Cuma sekedar share error GAMESS yang sering kualami dan sedikit troubleshooting-nya. Aku pikir troubleshooting tentang GAMESS kok jarang dibahas di internet, atau mungkin karena aku saja yang kurang telaten googling :P.
Oke, semoga ada manfa’atnya :D.
Assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh.
Ketemu lagi nih, kali ini kita akan membahas program kimia komputasi yang bersifat free dan berjalan di Linux. Beberapa yang akan kita bahas antara lain Tinker, Gromacs dan ESPRESSO. Ketiganya bersifat free dan source codenya bisa didownload sehingga kita bisa mengkompilasinya sesuai dengan kebutuhan, khusus untuk Gromacs, dia sudah masuk ke dalam reponya Debian sehingga bisa diinstall hanya dengan perintah apt-get install gromacs.
Continue reading “software free kimia komputasi 3, Tinker, Gromacs dan ESPRESSO”
Masih menyambung tulisan tentang beberapa software kimia komputasi di Linux, ternyata ada banyak sekali software alternatif pengganti software berbayar. Meskipun demikian di antara software berbayar itu masih ada yang baik hati dengan menyertakan versi trialnya untuk dicoba :). Oke, kita mulai dari software untuk perhitungan komputasi.
NWChem merupakan software kimia komputasi buatan dari EMSL ( Environmental Molecular Sciences Laboratory) Pacific Northwest National Laboratory . Saat ini NWChem didistribusikan secara free, pengguna bisa mendownload versi binarynya atau mendownload source code kemudian dikompilasi sendiri. NWChem didistribusikan dengan Lisensi ECL 2.0. Hmm, apa sih kemampuan dari NWChem ini? Ternyata banyak sekali kemampuan NWChem. Fiturnya tidak kalah dengan software berbayar (fitur lho :p). Kemampuan NWChem antara lain perhitungan kimia komputasi menggunakan metode struktur elektronik (HF, DFT, MP2, CCSDT, CASSCF), simulasi QM/MM (Quantum Mechanic/Molecular Mechanic), simulasi MD (Molecular Dynamics), perhitungan menggunakan plane wave basis set. Dokumentasi dari NWChem sangat baik dan lengkap menjelaskan mengenai kapabilitas dari program ini. Saat ini untuk PC, NWChem hanya tersedia untuk versi Linux (untuk kompilasi menggunakan CYGWIN, saya belum pernah nyoba).
neax502's simple blog 