antara aku, kau dan dia part 49 sharing dengan mas fajar

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh..

tadi pagi aku sempat ngobrol dengan mas fajar, dosen paling baru di departemen kimia fmipa ugm. beliau adalah kakak kelasku sewaktu s1 dan s2 tentu saja. s2-nya merupakan program dual degree dengan TUBS Jerman. saat ini beliau sudah diterima dengan univ. of manchester dan sedang menunggu pengajuan visa yang katanya bulan juli. apa sih obrolan kami ? lets check it out!
Continue reading

split pdf quickly using pdftk

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh……

kali ini kita akan mencoba memecah file pdf tesis menjadi beberapa bagian, biasalah untuk keperluan surat bebas pustaka. nah, jika di file skripsi dulu saya menggunakan pdfsam untuk menggabungkan file pdf maka di tulisan ini saya menggunakan pdftk untuk memecah file dan menggabungkan file pdf.

Continue reading

visualisasi sphere kulit solvasi pertama VMD – END

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh…

kali ini kita akan mencoba membuat sphere pada kulit solvasi pertama. hal ini terinspirasi dari beberapa publikasi punya teman hehe. untuk itu, kita memerlukan partikel X yang berada pada koordinat 0 0 0. berikut adalah seleksi yang digunakan untuk partikel X.

Continue reading

visualisasi ikatan hidrogen VMD

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh…

kali ini kita akan mencoba melakukan visualisasi ikatan hidrogen dalam air menggunakan VMD. Langkah yang kita gunakan sama dengan visualisasi sebelumnya, hanya saja drawing methodnya yang diganti menggunakan HBond.
Continue reading

Visualisasi pertukaran ligan dengan VMD

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh…

 

Kali ini kita akan mencoba melakukan visualisasi reaksi pertukaran ligan menggunakan VMD. saya asumsikan kalian sudah punya file trajektori .xyz dari simulasi dinamika molekular. pertama-tama buka file tersebut menggunakan VMD, lalu pilih representasi seperti pada Gambar 1.

Continue reading