software kimia alternatif linux 2

Masih menyambung tulisan tentang beberapa software kimia komputasi di Linux, ternyata ada banyak sekali software alternatif pengganti software berbayar. Meskipun demikian di antara software berbayar itu masih ada yang baik hati dengan menyertakan versi trialnya untuk dicobaūüôā. Oke, kita mulai dari software untuk perhitungan komputasi.

  • NWCHEM (Northwest Computational Chemistry Package (NWChem)

NWChem merupakan software kimia komputasi buatan dari EMSL ( Environmental Molecular   Sciences Laboratory) Pacific Northwest National Laboratory .  Saat ini NWChem  didistribusikan secara free, pengguna bisa mendownload versi binarynya atau mendownload   source code kemudian dikompilasi sendiri. NWChem didistribusikan dengan Lisensi ECL 2.0.   Hmm, apa sih kemampuan dari NWChem ini? Ternyata banyak sekali kemampuan NWChem.  Fiturnya tidak kalah dengan software berbayar (fitur lho :p).  Kemampuan NWChem antara lain     perhitungan kimia komputasi menggunakan metode struktur elektronik (HF, DFT, MP2,  CCSDT, CASSCF), simulasi QM/MM (Quantum Mechanic/Molecular Mechanic), simulasi MD     (Molecular Dynamics), perhitungan menggunakan plane wave basis set. Dokumentasi dari   NWChem sangat baik dan lengkap menjelaskan mengenai kapabilitas dari program ini. Saat ini     untuk PC, NWChem hanya tersedia untuk versi Linux (untuk kompilasi menggunakan CYGWIN, saya belum pernah nyoba).

  • MPQC (Massively Parallel Quantum Chemistry)

mpqc, mungkin nama program ini kurang populer bila dibandingkan dengan program yang lain ¬†¬† ¬†seperti Gaussian, JAGUAR dsb. Mpqc adalah salah satu program kimia komputasi yang¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬† bersifat¬† free dan open source, pengguna Debian bisa menginstallnya dengan mengetikkan ‚Äúapt-get¬†¬† install mpqc‚ÄĚ. Mpqc dapat menghitung closed shell, restricted open shell HF energi dan gradien. ¬†¬† ¬†Second order open shell pertubation theory (OPT2[2]) dan energi Zaveraged perturbation theory¬†¬† serta energi dan gradien dari MP2. Mpqc juga memasukkan metode untuk mengoptimasi dalam ¬†¬† ¬†koordinat internal atau kartesian. Berbeda dengan kebanyakan program kimia komputasi yang¬†¬† dibuat menggunakan fortran, mpqc didesain menggunakan teknik object oriented programming ¬†¬† ¬†(OOP) dengan bahasa C++. Struktur inputnya mirip dengan struktur bahasa C atau C++ :p. ¬†¬† ¬†Dokumentasi mpqc dapat dicari menggunakan ‚Äúman mpqc‚ÄĚ.

  • Autodock

Autodock merupakan software untuk melakukan docking substrat ke protein ligan. Autodock melakukan docking otomatis senyawa kimia ke reseptor dari protein. Misalnya untuk memprediksi bagaimana molekul kecil, substrat, kandidat obat berinteraksi dengan protein yang telah struktur 3D-nya sehingga dapat diketahui faktor-faktor apakah yang mempengaruhi interaksi obat-protein dan bagaimana konfigurasi interaksinya. Autodock telah dimasukkan ke dalam repository Debian sehingga untuk menginstallnya cukup dengan perintah apt-get install autodock. Web resmi dari auto dock,  http://autodock.scripps.edu . AutodockSuite terdiri dari dua program utama untuk melakukan docking, autogrid dan autodock.

Selain tiga program di atas sebenarnya masih banyak lagi, program yang kimia komputasi yang bersifat free seperti mopac7 (versi free terakhir dari mopac), ab init, GROMACS dsb. Tapi sekali lagi penggunaan program tidak hanya didasarkan pada sifatnya yang free atau tidak melainkan, pada kemampuan dan kualitas hasil perhitungan yang dihasilkan.
Nah, kemudian untuk menggambar struktur kimia.

  • EasyChem

easychem merupakan tool sederhana untuk menggambar struktur kimia secara dua dimensi. Salah satu yang unik dari program ini adalah kita dapat mengekspor gambar ke dalam pdf. Cara menggunakannya sama dengan software untuk menggambar lainnya dengan klik dan drag.

  • BKChem

Bkchem merupakan tool untuk menggambar struktur kimia secara dua dimensi. Selain itu, Bkchem juga dapat digunakan untuk melihat beberapa sifat sederhana seperti rumus molekul, berat molekul. Bkchem juga bisa mengkonvert nama struktur dari SMILE atau INCHI menjadi struktur.

  • GChempaint

gchempaint salah satu tool untuk menggambar struktur kimia yang datang bersama dengan GNOME. Tool ini sangat sederhana, walaupun demikian gchempaint datang dengan template yang cukup lengkap mulai dari asam amino hingga sakarida. Hasil struktur dapat disiimpan dalam format ChemDraw, PDB, MDL dan CML.

Tak kalah penting juga adalah program untuk visualisasi hasil perhitungan kimia komputasi. Program ini akan sangat membantu dalam menghasilkan gambar yang berkualitas dan sesuai dengan standar publikasi, visualisasi orbital, muatan atom dll. Di sini saya juga menambahkan satu program yang sering digunakan dalam publikasi, ChemCraft. Meskipun sebenarnya ChemCraft tidaklah gratis, tapi versi trialnya bisa digunakan lumayan lama, 150 hari.ūüôā

  • Chemcraft

    program ini sudah tidak asing lagi bagi para pengguna kimia komputasi. Yap, program     visualisasi ini bisa menampilkan hasil perhitungan dari HyperChem, Gaussian, GAMESS dan     NWChem, cube, pdb, mol, cif, ADF, Orca, Q-CHEM, Dalton, Turbomole, Jaguar, Molpro,     MolDraw dll. Selain itu kita juga bisa mengganti style visualisasi dan menampilkan orbital     molekul. ChemCraft salah satu program yang biasa digunakan untuk menampilkan hasil     perhitungan dalam berbagai publikasi ilmiah. Chemcraft dapat didownload di http://chemcraftprog.com

  • WxMacmolplt

wxmacmolplt merupakan program untuk menampilkan hasil perhitungan dari GAMESS. Program ini harus didownload dari webnya (ah, lupa link-nya). Instalasinya cukup mudah hanya dengan 3 langkah, ./configure, make dan make install.

  • Garlic

garlic merupakan program untuk menampilkan struktur protein dari file pdb 2.1. program ini diperuntukkan untuk investigasi dan mengedit semua protein dan molekul. Garlic dimasukkan ke dalam repository beberapa distro seperti Debian, Suse, Mandriva, Linspire dll. Dokumentasi lengkap dari garlic dapat dicari di http://garlic.mefos.hr/garlic/.

  • Chimera

Chimera salah satu program visualisasi yang cukup kompleks. Chimera bisa menampilkan struktur dari file .pdb, .fchk, .mol dan beberapa format lainnya. Chimera dapat didownload dari http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/.

Mungkin itu dulu bahasan tentang beberapa program yang berkaitan dengan kimia yang bersifat free dan trial (chemcraft). Jika ada yang kurang mohon koreksinya dan semoga bermanfa’at!

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s