MarvinSketch to Chemoinformatics

Kemoinformatika berkaitan dengan software dan database. Dalam kesempatan ini saya akan membahas mengenai software dan database yang berkaitan dengan kemoinformatika. MarvinSketch adalah software buatan ChemAxon. Software ini dapat didownload secara bebas dari chemaxon.com. Meski demikian, kita juga dapat membeli lisensi untuk plugin-plugin yang lebih lengkap. MarvinSketch dibuat untuk berjalan di atas 3 platform OS, yaitu: Microsoft Windows, Mac OS dan Linux. MarvinSketch membutuhkan JRE (Java Runtime Environment) jadi pastikan bahwa di komputer telah terinstall JRE. MarvinSketch dapat didownload dari chemaxon.com. Perlu kesabaran jika hendak mendownloadnya karena masalah yang saya temui dari dulu sampai sekarang adalah susah untuk login. Sebaiknya setelah login, minta password baru dari chemaxon kemudian login-lah dengan password baru tersebut.

MarvinSketch ditujukan untuk menggambar struktur molekul, reaksi kimia, menampilkan sifat-sifat dari struktur dan masih banyak lagi. Untuk versi yang free, tidak semua fungsi ini dapat dijalankan karena ada beberapa plugin yang harus kita download dari internet. Selain untuk fungsi menggambar, MarvinSketch juga dapat digunakan untuk menampilkan data koefisien partisi, protonasi, analisis topologi. Dalam kaitannya dengan kemoinformatika yang tentu saja berkaitan dengan database MarvinSketch dapat digunakan sebagai tool untuk mengakses database dari PubChem, ChemSpider dan Chemicalize. Untuk mengakses database ini, kita harus menggambar struktur molekul yang kita inginkan terlebih dahulu kemudian baru mengakses database dari PubChem, ChemSpider atau Chemicalize. Tentu saja diperlukan koneksi internet dalam pencarian struktur ini. Ketika mengakses database tersebut kita bisa mengatur tingkat kemiripan struktur yang kita inginkan. Mungkin hal ini bisa digantikan dengan menggunakan search engine seperti google, yahoo dll, tapi permasalahannya jika kita ingin mencari informasi yang lebih cepat dan akurat akan sangat lebih baik jika menembak langsung ke web dan struktur senyawa yang dituju. Apalagi jika senyawa yang kita cari termasuk memiliki struktur yang rumit.

PubChem merupakan salah satu web penyedia database yang cukup lengkap. Kita bisa mengaksesnya dengan menggunakan MarvinSketch seperti yang telah dijelaskan di atas. Jika kita memasukkan satu struktur dari MarvinSketch lalu kemudian mencari tentang informasinya di PubChem maka akan ditampilkan semua struktur senyawa yang berkaitan dengan yang kita cari tersebut. PubChem dapat digunakan untuk mencari tentang nama dari struktur, efek biologis dan toksisitas, sifat-sifat fisik dari molekul dll. Hampir sama dengan PubChem, ChemSpider juga dapat digunakan untuk mencari sifat-sifat yang berkaitan dengan molekul, efek biologis, spektra IR, NMR yang bisa didownload. ChemSpider juga bisa menampilkan paten dan jurnal yang berkaitan dengan senyawa yang akan kita cari.

Kesimpulan dari tulisan ini adalah kombinasi antara MarvinSketch dengan web pages database dapat digunakan secara efektif untuk mencari sifat-sifat dari senyawa yang pada akhirnya nanti akan memberikan informasi yang berharga bagi kita.