Software Kimia Alternatif di GNU/Linux

Hufff, lama juga ya blog ini tidak aku update, maklum lagi mengerjakan sesuatu yang sebenarnya sendiri aku kurang suka mengerjakannya hehe. Hmm, masih berkaitan dengan posting minggu lalu tentang software alternatif kimia di windows, nah sekarang kita bahas tentang software kimia alternatif di linux. Pada dasarnya hal ini akan bergantung pada dua hal, pertama apakah software yang kita inginkan ada di repository distro yang kita gunakan ataukah tidak? Nah, jika tidak tersedia, apakah kita harus menginstall dari source codenya atau cukup dari binarynya saja?
Di Linux banyak juga program-program kimia alternatif. Dari berbagai macam program tersebut ada yang didistribusikan untuk akademis, maupun yang memang benar-benar open source dan kesemuanya itu ada beberapa yang memang diakui kualitasnya secara internasional dan sering digunakan untuk keperluan publikasi ilmiah. Mari kita bahas satu persatu, tapi tentu tidak semua dapat terbahas di sini.

1.Jmol
Jmol merupakan program visualisasi yang bersifat open source dan bebas untuk didistribusikan. Jmol dikembangkan berdasarkan java sehingga pastikan Java Runtime Environment (JRE) telah terinstall di komputer sebelum menggunakan Jmol. Jmol didesain bisa sebagai applet dari web ataupun berdiri sendiri. Dengan Jmol kita dapat membuat animasi, menampilkan vibrasi dll. Salah satu format yang bisa dibaca Jmol adalah format file HyperChem. Jmol dapat di download di jmol.org. Untuk menggunakannya tinggal ekstrak file zip-nya dan kemudian jalankan jmol.sh. Jika tidak bisa dijalankan karena tidak memiliki atribut untuk file eksekusi, tinggal gunakan perintah chmod -R 777 pada folder jmol.

2.Molden
Molden hampir sama dengan Jmol, fungsinya adalah untuk menampilkan dalam bentuk 3D. Molden sangat powerful terutama dengan z-matrik editornya. Saat ini molden didistribusikan untuk keperluan akademik. Molden dapat digunakan untuk memvisualisasi hasil perhitungan dari GAUSSIAN. Molden dapat di download di ftp://ftp.cmbi.ru.nl/pub/molgraph/molden/molden5.0.tar.gz. Untuk meng-compile molden ada beberapa paket program yang harus diinstall terlebih dahulu. Bagi para pengguna setia Debian dan turunannya seperti Ubuntu dapat menggunakan perintah apt-get install untuk menginstall program-program berikut ini : gfortran libX11-6 libX11-dev libgl1-mesa-glx libgl1-mesa-dev build-essential mesa-common-dev libglu1-mesa-dev libxmu-dev makedpend xutils-dev wget. Selanjutnya tinggal mengekstrak folder molden lalu edit makefile, samakan dengan platform komputer yang kita gunakan. Terakhir compile dengan perintah make. Jika proses ini berhasil akan ada file ekskusi molden, gmolden, ambfor dan surf. Sayangnya di komputer saya gmolden masih belum bisa tercipta :(.

3.GAMESS (General Atomic and Molecular Electronic Structure System)
GAMESS merupakan software untuk melakukan perhitungan kimia kuantum. Metode yang tersedia di GAMESS mulai dari level teori HF (RHF, ROHF,UHF), DFT,CI dan MP2. Gamess dapat digunakan untuk menghitung Vibrasi, UV/VIS, Raman dll. Metode analytic gradient juga tersedia untuk otomatisasi proses optimasi geometri. Panduan tentang instalasi GAMESS dan visualisasinya telah tersedia di tulisan sebelumnya dalam blog ini.
4.Marvinsketch
Dalam tulisan sebelumnya aku menulis bahwa marvinsketch tersedia untuk windows, tapi agak sedikit lupa apakah tersedia versi untuk linuxnya. Ternyata setelah dicek, terdapat versi linux dari marvinsketch. Marvinsketch adalah software untuk menggambar struktur, dikembangkan dengan java sehingga memerlukan Java Runtime Environment (JRE) untuk berjalan. Instalasinya sangat mudah dengan adanya GUI sehingga mirip cara instalasi di windows.

5.Chemtool
Chemtool adalah program untuk menggambar struktur terutama senyawa organik. Chemtool mudah digunakan untuk menggambar selain terdapat tools untuk menghitung massa molekular. Instalasi chemtool sangat mudah karena beberapa distro besar memasukkan chemtool ke dalam repository mereka. Bahkan instalasi dari source codenya pun juga mudah.

6.Rasmol
Rasmol merupakan salah satu program untuk visualisasi molekul-molekul kecil, asam amino, protein. Rasmol ditujukan untuk pengajaran visualisasi dan untuk menghasilkan gambar dengan kualitas tinggi. Rasmol untuk Linux terdapat di repository beberapa distro seperti Debian, Ubuntu, OpenSuse dll. Selain itu, source codenya juga bisa didownload dari rasmol.org.

Mungkin cukup sekian dulu, lain kali jika ada program yang telah saya coba, insyaALLAH akan saya ulas di lain kesempatan, oke ! Jangan pernah tergantung dengan software bajakan, bayangkan saja bila karya kita dicuri orang, perasaan kamu gmana? Padahal kamu hidup dari karya itu.
Semoga bermanfa’at!