Visualisasi pertukaran ligan dengan VMD

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh…

 

Kali ini kita akan mencoba melakukan visualisasi reaksi pertukaran ligan menggunakan VMD. saya asumsikan kalian sudah punya file trajektori .xyz dari simulasi dinamika molekular. pertama-tama buka file tersebut menggunakan VMD, lalu pilih representasi seperti pada Gambar 1.