restraint examples in AMBER

assalamua’alaikum warahmatullahi wabarakatuh..

 

kali ini kita akan mencoba melihat dua contoh penggunaan restraint di AMBER ? tapi sebelumnya mengenai restraint akan dibahas di tulisan berikutnya😉

oke contoh pertama adalah bagaimana membuat semua atom kecuali Hidrogen tetap berada di posisinya selama proses minimasi dan ekuilibrasi

ntr = 1, restraint_wt=100.,
restraintmask = ‘ !:WAT & !@H=’,

ntr : flag untuk mengaktifkan restraint

restraint_wt : besar  nilai konstanta gaya yang digunakan dalam satuan kj/mol angstroem^-2

restraintmask : flag untuk memilih bagian yang akan di-restraint

! : digunakan untuk mengeluarkan fragmen yang tidak akan direstraint !:WAT berarti semua molekul air tidak akan diseleksi

& : untuk menggunakan lebih dari satu restraint

@H memilih atom H , !@H berarti semua atom H akan dikeluarkan dari seleksi

restraintmask = ‘(:188 < :5.5) & @ZN,SG’,

maka artinya atom ZN dan S pada jarak kurang dari 5,5 angstroem dari residu nomor 188 akan di-restraint dengan konstanta gaya 10 kj/mol angstroem^-2

 

 

 

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s