radial distribution analysis PTRAJ

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh…

 

lama sekali ndak nulis di sini ya. malam ini kita akan membahas sedikit mengenai analisis distribusi radial menggunakan ptraj. yah..selama beberapa minggu ini saya berkutat dengan program AMBER.

dalam kasus ini, kita akan mencoba membuat input file untuk analisis distribusi molekul air di sekitar ion Eu3+. dari beberapa tutorial yang ada, akhirnya saya mendapatkan kesimpulan :

  1. trajektori di-imaging terlebih dahulu sehingga solut berada di tengah kotak. hal ini misal bisa kita lakukan dengan inputtrajin prod.nc
    center :1-15 -> nama residu solut
    image familiar
    trajout md.out

    kemudian ptraj, bisa kita jalankan dengan perintah ptraj eu.prmtop < file_input_imaging

  2. setelah mendapatkan kotak yang sudah ter-image maka kita bisa melakukan analisis rdf (meski secara default ptraj akan melakukan imaging juga sih)
    trajin md.out
    radial rdf_eu_wat .01 28.0  :WAT@O :EU3  intrdf rdf_eu_wat rawrdf rdf_raw
    kemudian ptraj bisa dijalankan dengan perintah ptraj eu.prmtop < file_input_analisis_rdf . hal yang patut diingat di sini, ketika melakukan normalisasi, ptraj akan menggunakan densitas 1,0 g/mL sehingga apabila sistem kita memiliki densitas yang tidak sama dengan densitas tersebut, maka perlu ditambahkan keyword density atau volume untuk mengatur densitas.

maka akan dihasilkan beberapa file .xmgr, kita perlu melakukan visualisasi terhadap file yang bernama “standar”

oke cukup sekian dan semoga bermanfa’at!

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s