Instalation and Running Parallel of GROMACS

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh…

masih melanjutkan tulisan bagaimana menjalankan proses MPI pada beberapa nodes, kali ini kita akan mencoba melakukan tes sederhana dengan gromacs.

gromacs yang kita gunakan adalah gromacs 4.6.5 dan paket program MPI yang digunakan adalah MPICH2. pertama-tama pastikan dulu MPICH2 telah terinstall dengan baik di kluster komputer. Oh ya, konsepnya sederhana yaitu, gromacs harus dapat dipanggil di masing-masing nodes yang akan digunakan.

untuk instalasi gromacs, sama seperti biasa :

-1. install dulu fftw3. caranya standar saja,

./configure –enable-shared –enable-float –prefix=/usr/local/fftw && make && make install

0. setelah terinstall, maka kita perlu mengatur enviroment dari fftw. misalnya, kita buat file fftw.sh yang kemudian diletakkan di /etc/profile.d

#! /bin/bash

export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/fftw/lib/:$LD_LIBRARY_PATH
export LIBRARY_PATH=/usr/local/fftw/lib/:$LIBRARY_PATH
export PATH=/usr/local/fftw/bin:$PATH

setelah fftw terinstall, sekarang saatnya menginstall gromacs

1. ekstrak dulu file gromacs 4.6.5

2. buat folder build

3.  atur enviromentnya

export FFTW3F_ROOT_DIR=usr/local/fftw

export FFTW3F_LIBRARIES=usr/local/fftw/lib

export FFTW3F_INCLUDE_DIR=usr/local/fftw/include

export FFTW3F_ROOT_DIR=/usr/local/fftw

export FFTW3F_LIBRARIES=/usr/local/fftw/lib

export FFTW3F_INCLUDE_DIR=/usr/local/fftw/include

4. export CC=mpicc && export CXX=mpicxx && cmake -DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=off -DFFTWF_LIBRARY=/usr/local/fftw/lib/libfftw3f.so.3 – DFFTWF_INCLUDE_DIR=/usr/local/fftw/include/ -DGMX_DOUBLE=off -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/gromacs465 -DGMX_QMMM_ORCA=on -DFFTW3F_ROOT_DIR=/scratch/ant/fftw -DGMX_MPI=on -DBUILD_SHARED_LIBS=off ..

5. make -j4 && make install

6. langkah ini dilakukan untuk masing-masing nodes, bisa dilakukan dengan menggunakan shell script sederhana

 

oke, setelah semua terpasang dengan baik, sekarang kita mencoba running gromacsnya menggunakan perintah

nohup mpirun -np 12 –hostfile host mdrun_mpi -deffnm topol &

host adalah file teks yang berisi hostname nodes yang akan digunakan

 

oke , cukup sekian dan semoga bermanfa’at🙂

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s