preparasi kotak simulasi non protein untuk AMBER

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh..

kelanjutan dari tulisan sebelumnya, kali ini kita akan mencoba membuat kotak simulasi non protein untuk simulasi menggunakan program AMBER. dalam kasus ini, kita akan mencoba melakukan preparasi kotak simulasi yang berisi kafein, asam metakrilat dan pelarut kloroform.

pertama-tama optimasi dulu semua molekul yang akan kita gunakan dengan metode ab initio HF/6-31g(d) menggunakan program Gaussian 09. hasil dari output Gaussian 09, kita gunakan sebagai input awal program antechamber. karena kita akan menggunakan lebih dari satu senyawa, maka kita perlu memberikan residu name yang berbeda untuk masing-masing senyawa yang akan kita gunakan dengan menambahkan opsi -rn di program antechamber. misalnya :

antechamber -i kafein.log -fi gout -o kaf.mol2 -fo mol2 -c bcc -nc 0 -rn kaf

perintah ini digunakan untuk residu yang lain. kemudian kita harus membuat parameter file untuk masing-masing residu

parmchk -i kaf.mol2 -f mol2 -o frcmod.kaf

untuk membuat kotak simulasi, di sini kita akan menggunakan program packmol. oleh karena itu, kita perlu file .pdb. file ini dapat diperoleh dari file .mol2 yang kita konversi ke dalam format .pdb menggunakan tleap (agar nama residu bisa tetap terjaga). di dalam tleap ketikkan baris perintah berikut. hal ini kita lakukan utnuk residu yang lain juga.

kaf = kaf.mol2

savepdb kaf kaf.pdb

oke, setelah semua file .pdb yang kita perlukan siap, sekarang kita siap membangun kotak simulasi.

perintah ini digunakan untuk residu yang lain. kemudian kita harus membuat parameter file untuk masing-masing residu

parmchk -i kaf.mol2 -f mol2 -o frcmod.kaf

untuk membuat kotak simulasi, di sini kita akan menggunakan program packmol. oleh karena itu, kita perlu file .pdb. file ini dapat diperoleh dari file .mol2 yang kita konversi ke dalam format .pdb menggunakan tleap (agar nama residu bisa tetap terjaga). di dalam tleap ketikkan baris perintah berikut. hal ini kita lakukan utnuk residu yang lain juga.

kaf = kaf.mol2

savepdb kaf kaf.pdb

oke, setelah semua file .pdb yang kita perlukan siap, sekarang kita siap membangun kotak simulasi. berikut adalah input untuk program packmol

filetype pdb
output test_box.pdb
tolerance 2.0
structure kaf.pdb
number 1
inside cube 0. 0. 0. 70.
end structure

tolerance 2.0
structure met.pdb
number 1
inside cube 0. 0. 0. 70.
end structure

tolerance 2.0
structure klo.pdb
number 1000
inside cube -25. 25. 30. 70.
end structure

setelah kita selesai dengan file .mol2, parameter untuk AMBER dan file kotak simulasi dari packmol, sekarang kita siap membangun kotak simulasi. sekali lagi kita perlu menggunakan tleap

pertama-tama load dulu leaprc.gaff

source leaprc.gaff

kemudian file .mol2

kaf = loadmol2 kaf.mol2
met = loadmol2 met.mol2

kemudian kotak simulasi yang dibuat menggunakan packmol

box = loadpdb test_box.pdb

setelah ini selesai kita load parameter file untuk masing-masing residu

loadamberparams frcmod.kaf
loadamberparams frcmod.met
loadamberparams frcmod.klo

kemudian kita “center” kotak simulasi untuk mendapatkan panjang rusuk kotak

setbox box centers

terakhir kita simpan sebagai AMBER topologi dan koordinat AMBER

saveamberparm box box.prmtop box.inpcrd

 

oke, cukup sekian dan semoga bermanfa’at!

 

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s