preparasi non protein untuk AMBER

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh..

 

kali ini kita akan melakukan preparasi input simulasi untuk program amber. senyawa yang akan kita gunakan adalah senyawa organik seperti kafein dan medan gaya yang kita gunakan adalah GAFF.

pertama-tama kita akan melakukan optimasi struktur menggunakan program gaussian 09 menggunakan metode ab initio dengan tingkat teori HF dengan basis set 6-31g(d).

hasil dari optimasi ini akan kita jadikan input untuk antechamber

antechamber -i kafein.log -fi gout -o kaf.mol2 -fo mol2 -c bcc -nc 0

di sini kita akan menggunakan metode AM1-BCC untuk menghitung muatan atom dari atom-atom dalam kafein

selesai dari antechamber kita harus membuat parameter untuk kafein menggunakan tleap

parmchk -i kaf.mol2 -f mol2 -o frcmod.kaf

apabila kita membutuhkan program packmol, maka kita perlu membuat file .pdb. hal ini bisa kita lakukan menggunakan tleap juga

kaf = loadmol2 kaf.mol2

savepdb kaf kaf.pdb

selesai dengan pembuatan parameter, sekarang kita siap membangun file untuk preparasi simulasi dengan tleap

————————————-

source leaprc.gaff

kaf = loadmol2 kaf.mol2

loadamberparams frcmod.kaf

–setelah semua selesai—

saveamberparm kaf kaf.prmtop kaf.inpcrd

————————————-

langkah-langkah ini bisa kalian teruskan sendiri sesuai dengan kebutuhan😉

oke, cukup sekian dan semoga bermanfa’at!

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s