tutorial program crystal bagian 6

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh…

kali ini kita akan melanjutkan pembahasan mengenai program crystal. sekarang kita akan mencoba membahas bagaimana melakukan perhitungan pointcharge menggunakan crystal. konsep dari perhitungan ini adalah kita membagi sebuah padatan menjadi dua layer, kemudian pada salah satu layer semua atomnya diganti dengan pointcharge atau titik muatan. hal ini akan sangat bermanfa’at apabila kita melakukan simulasi QM/MM dengan charge embedding.

hal yang harus diingat dalam melakukan perhitungan pointcharge adalah kita memerlukan satu buah file lagi, yaitu file namafile.POINTCHG. koordinat atom dalam file ini harus dalam format kartesian, bukan format koordinat fraksional. cara mengubah dari koordinat fraksional ke kartesian adalah dengan mengalikan dengan panjang sel, nama file ini harus sama dengan nama file .d12. kemudian, netralitas dari sistem karena apabila sistem tidak netral dalam artian jumlah total muatannya tidak netral maka perhitungan tidak bisa dilakukan. netralitas sistem ini bisa diatur dengan membagi ke layer secara benar.

berikut adalah salah satu contohnya :

13  -0.0221335  -0.385289   2.28418
13  -0.272133  0.448045   2.28418
13  0.477867  -0.0519553   2.28418
13   0.227866   -0.218622  2.28418
POINTCHG
END

setelah menuliskan koordinat atom di file input .d12 diakhiri dengan keyword POINTCHG. berikut adalah salah satu contoh file scan.POINTCHG

180
-1.73909    0.17844    12.57649    -2
-5.86181    -2.20181    12.57649    -2
6.50634    4.93894    12.57649    -2
2.3836    2.55869    12.57649    -2
-1.73909    4.93894    12.57649    -2
-5.86181    2.55869    12.57649    -2
6.50634    -4.58206    12.57649    -2
2.3836    -6.96232    12.57649    -2

 

180 -> jumlah atom dalam file POINTCHG

koordinat x, y dan z kemudian diikuti dengan muatan atom.

agak menyebalkan memang ketika kita tidak dapat menulis nama atom di file ini😛 .

jika kita melakukan variasi jarak dan membuat plot antara energi interaksi antara layer yang atomnya dihitung menggunakan metode mekanika kuantum – layer yang atomnya merupakan pointcharge maka kita akan memperoleh kurva seperti ini :

snapshot1

oke, cukup sekian dan semoga bermanfa’at!

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s