membuat kotak simulasi air menggunakan xleap

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh..

kali ini kita akan membahas bagaimana membuat kotak simulasi yang berisi air dengan xleap. konsepnya adalah kita mensolvasi solute/air menggunakan kotak simulasi yang sudah ter-pre-ekuilibrasi dalam amber.

pertama-tama buka xleap

$ xleap

load file leaprc

$ source /usr/local/amber/dat/leap/cmd/oldff/leaprc.ff

buat units baru dengan mengkopi model air misalnya SPC

$ sys = copy SPC

solvasi solute/sys menggunakan solvatebox

$ solvatebox sys SPCBOX 5.5 iso 0.5

5.5 = > buffer, jarak minimal antara batas kotak dengan molekul kita *CMIIW)

iso => membuat kotak kubus

0.5 => ukuran kedekatan antar molekul

simpan menggunakan saveamberparm

$ saveamberparm sys box.prmtop box.inpcrd

box = nama file

untuk mengubah koordinat dan topologi amber menjadi file pdb atau xyz

misalnya untuk mengubahnya menjadi file .pdb

$ ambpdb -p box.prmtop < box.inpcrd > box.pdb

untuk mengubahnya menjadi xyz, file .pdb tadi bisa kita buka menggunakan vmd kemudian save coordinate -> xyz.

oke, cukup sekian dan semoga bermanfaat!

# baru ingat lagi perintah-perintah ini setelah 10 hari

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s