tutorial program crystal bagian 5

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh..

kali ini kita akan membahas visualisasi hasil dari program crystal menggunakan jmol. sebagai catatan versi jmol yang baru terkadang tidak dapat menampilkan hasil dari program crystal dengan baik, jadi sebaiknya kita mencoba beberapa versi jmol sehingga nanti ketemu versi jmol yang pas. kalau saya lebih suka versi yang lebih lama.

jmol sendiri bisa diunduh secara gratis di sini . untuk crystal 14 versi jmol yang bisa dipakai adalah jmol-14.2.14_2015.06.11 . hal yang perlu diingat antara crystal dengan jmol memiliki perbedaan dalam menentukan titik 0 dalam koordinat kartesian yang digunakan. hmm, cara membayangkannnya adalah begini : bayangkan kalian memiliki titik 0 di tengah-tengah struktur tersebut. nah itu yang digunakan dalam crystal. kemudian bayangkan lagi, kalian memiliki titik 0 dan struktur kalian digambar menggunakan titik 0 tersebut sebagai acuan. nah itu yang digunakan dalam jmol. sehingga apabila kita memvisualisasikan output crystal menggunakan jmol, nanti hasilnya akan berada di luar kotak.

Screenshot from 2015-07-27 05:09:53

untuk menempatkannya di dalam kotak, klik kanan pilih symmetry -> reload {444 666 1} + display 555

Screenshot from 2015-07-27 05:22:11maksud dari reload {444 666 1}, hmm saya agak lupa, nanti tak tanyakan thomas lagi saja. oke, dalam jmol kita juga bisa melakukan visualisasi simeteri misalnya dengan menggunakan perintah berikut :

Screenshot from 2015-07-27 05:45:06hal ini berguna untuk melihat periodisitas kristal ke arah sumbu x, y dan z dan menentukan ukuran kotak simulasi. periodisitas dapat dicek menggunakan dua cara, melihat keberulangan atom atau melihat keberulangan jarak antar dua atom yang berulang.

salah satu kelebihan jmol adalah struktur yang telah kita manipulasi simetrinya ini bisa diekspor menjadi format program lain,misalnya gaussian.

Screenshot from 2015-07-27 05:57:57mengapa format gaussian ini sangat berguna ? karena dengan mudah kita membuatnya menjadi format xyz dan melakukan manipulasi lebih lanjut. kok bisa ? iya karena format gaussian tersebut menggunakan format koordinat kartesian, sama dengan format xyz tinggal mengganti bagian atas dan mengubah ekstensinya menjadi .xyz.

oke, cukup sekian dan semoga bermanfa’at!

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s