tutorial program crystal bagian 4

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh..

mari kita lanjutkan pembahasan tentang input file program crystal. nanti setelah pembahasan tentang input file selesai baru kita masuk ke dalam pembahasan visualisasi struktur dan manipulasi struktur agar bisa digunakan lebih lanjut.

pada tulisan yang lalu kita sudah sampai pada bagaimana menuliskan input file untuk crystal dan slab. kali ini kita akan melanjutkan pembahasan mengenai bagaimana mengontrol perhitungan menggunakan crystal

pada kesempatan ini ada 3 tipe perhitungan yang ingin kita bahas

1. geometri optimasi

2. menghitung frekuensi

3. single point

oke, kita mulai dari yang pertama tentang geometri optimasi. pada geometri optimasi kita memiliki dua opsi, melakukan optimasi posisi atom tanpa melakukan optimasi pada panjang sel atau sekaligus melakukan keduanya. berikut adalah contoh untuk yang geometri optimasi dengan pilihan kedua :

OPTGEOM -> keyword untuk geometri optimasi
FULLOPTG -> full geometri optimasi

END

END

13 5   -> basis set Al
0 0 8 2. 1.
70510.0 0.000226
10080.0 0.0019
2131.0 0.0110
547.5 0.0509
163.1 0.1697
54.48 0.3688
19.05 0.3546
5.402 0.0443
0 1 5 8. 1.
139.6 -0.01120 0.0089
32.53 -0.1136 0.0606
10.23 -0.0711 0.1974
3.810 0.5269 0.3186
1.517 0.7675 0.2995
0 1 1 3. 1.
0.59 1. 1.
0 1 1 0. 1.
0.35 1. 1.
0 3 1 0. 1.
0.51 1.
8 4   -> basis set O
0 0 8 2.0 1.0
8020.0    0.00108
1338.0    0.00804
255.4    0.05324
69.22   0.1681
23.90   0.3581
9.264  0.3855
3.851  0.1468
1.212  0.0728
0 1 4 6.0 1.0
49.43  -0.00883 0.00958
10.47  -0.0915  0.0696
3.235 -0.0402  0.2065
1.217  0.379   0.347
0 1 1 0.0 1.0
0.5    1.0     1.0
0 1 1 0.0 1.0
0.191  1.0     1.0
99 0 -> penanda akhir basis set
END
SCFDIR -> direct scf, semua perhitungan langsung dikerjakan di CPU, integral dua elektron tidak ditulis di HDD
DFT -> KEYWORD untuk DFT
EXCHANGE -> Keyword untuk suku pertukaran dalam DFT
PBE
CORRELAT -> Keyword untuk suku korelasi dalam DFT
PBE
END
SHRINK -> shrinking factor. parameter untuk mengontrol sampling pada daerah reciprocal. nilai ini dapat kita optimasi dengan cara melakukan variasi shrinking factor
4  4
ANDERSON -> convergence accelerator
FMIXING -> parameter untuk mengatur “porsi” HF dalam perhitungan. angka 99 menunjukkan porsi HF adalah 99%
99
MAXCYCLE ->jumlah iterasi maksimum
200
END

untuk perhitungan frekuensi, kita bisa mengambil koordinat teroptimasi kemudian mengganti keyword untuk geometri optimasi dengan

FREQCALC
INTENS

di mana kita akan memerintahkan crystal untuk menghitung frekuensi vibrasi dan menampilkan intensitas dari bilangan gelombang yang terhitung.

sementara untuk single point, kita tidak perlu menambahkan keyword tertentu, cukup setelah menuliskan koordinat langsung diikuti dengan basis set dst.

hal yang perlu diingat adalah komputasi fasa padat adalah perhitungan yang berat. sebagai contoh saya melakukan variasi jarak dari dua layer, masing-masing layer terdiri dari 150 atom menggunakan 64 prosesor intel xeon. perhitungan yang dilakukan hanya single point, satu variasi membutuhkan waktu 2-3 hari untuk selesai.

oke, cukup sekian dan semoga bermanfa’at!

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s