tutorial program crystal 2

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh..

melanjutkan pembahasan bagian 1 , kali ini kita akan membahas sedikit tentang bagaimana memasukkan input kristalografi ke dalam crystal.

AL2O3 CORUNDUM -> judul/komentar
CRYSTAL -> tipe molekul, bisa slab, polymer, molecule
0 0 0 -> penanda space group, khusus untuk tipe  molekul crystal
167 -> space group *semacam simetri untuk kristal
4.76050 12.9956 90.0 -> panjang kisi dan sudut unit sel
2 -> jumlah atom unik dalam unit sel. karena kita menggunakan space group maka tidak semua atom dalam unit sel dituliskan di sini. cukup atom unik saja. nanti dari atom unik ini, crystal akan meng-generate semua atom dalam unit sel
13 0.00000 0.00000 0.35216 -> nomor atom dan koordinat atom. INGAT! CRYSTAL MENGGUNAKAN KOORDINAT PARSIAL BUKAN KARTESIAN, KECUALI UNTUK SUMBU Z. JADI KOORDINAT SUMBU X DAN Y DALAM KOORDINAT PARSIAL SEMENTARA KOORDINAT SUMBU Z DALAM KOORDINAT KARTESIAN
8 0.30668 0.00000 0.25
TESTGEOM -> perintah untuk menghasilkan geometri dari input yang diberikan
END

terkadang kita perlu informasi mengenai berapa jumlah atom dan posisinya dalam unit sel, terutama apabila kita ingin membuat SUPERCELL. hal ini dapat dilakukan dengan menggunakan perintah SUPERCON. misalnya pada contoh berikut :

AL2O3 CORUNDUM
CRYSTAL
0 0 0
167
4.76050 12.9956
2
13 0.00000 0.00000 0.35216
8 0.30668 0.00000 0.25
SUPERCON
1 0 0
0 1 0
0 0 1
TESTGEOM
END

perintah SUPERCON diikuti dengan berapa duplikasi yang kita inginkan. dalam kasus di atas kita hanya ingin informasi dalam satu unit sel. crystal selanjutnya akan menghasilkan informasi mengenai tentang jumlah atom dan posisinya dalam unit sel sehingga space group dapat kita abaikan. misalnya pada contoh berikut :

AL2O3 CORUNDUM – crystallographic cell taken from SUPERCON
CRYSTAL
0 0 0
1
4.7605 4.7605 12.9956 90.0 90.0 120.0
30
13       0.0000     0.0000     0.3522
13      -0.3333     0.3333    -0.3145
13       0.3333    -0.3333     0.0188
13      -0.3333     0.3333     0.4812
13       0.3333    -0.3333    -0.1855
13      -0.0000    -0.0000     0.1478
13       0.3333    -0.3333     0.3145
13       0.0000    -0.0000    -0.3522
13      -0.3333     0.3333    -0.0188
13      -0.3333     0.3333     0.1855
13       0.3333    -0.3333    -0.4812
13       0.0000    -0.0000    -0.1478
8       0.3067     0.0000     0.2500
8      -0.0267     0.3333    -0.4167
8      -0.3600    -0.3333    -0.0833
8       0.0000     0.3067     0.2500
8      -0.3333    -0.3600    -0.4167
8       0.3333    -0.0267    -0.0833
8      -0.3067    -0.3067     0.2500
8       0.3600     0.0267    -0.4167
8       0.0267     0.3600    -0.0833
8       0.0267    -0.3333     0.4167
8      -0.3067     0.0000    -0.2500
8       0.3600     0.3333     0.0833
8       0.3333     0.3600     0.4167
8       0.0000    -0.3067    -0.2500
8      -0.3333     0.0267     0.0833
8      -0.3600    -0.0267     0.4167
8       0.3067     0.3067    -0.2500
8      -0.0267    -0.3600     0.0833

TESTGEOM

END

karena kita mengabaikan simetri dalam space group maka pada isian space group kita isi dengan angka 1 dan setelah itu kita harus menyebutkan parameter kisi secara lengkap.

oke, cukup sekian dulu dan semoga bermanfa’at!

One thought on “tutorial program crystal 2

  1. Pingback: tutorial program crystal 3 | neax502's simple blog

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s