visualisasi periodisitas kotak simulasi menggunakan VMD

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh..

selamat pagi teman-teman! *waktu ibk* agar kita mendapatkan gambaran lebih jelas mengenai konsep periodisitas dalam simulasi ada baiknya kita perlu menampilkan periodisitas kotak simulasi kita menggunakan VMD.

pertama – tama kita harus tahu berapa panjang kotak simulasi kita, kemudian gunakan perintah molinfo

Screenshot from 2015-07-12 20:33:44angka 0 menunjukkan indeks molekul kita dalam vmd, sementara a dan b menunjukkan rusuk kotak simulasi di sumbu x dan y. satuan yang digunakan adalah dalam angstroem.

lalu buatlah satu lagi representasi menggunakan tampilan yang berbeda, misalnya CPK. kemudian masuk ke tab periodic dan centang +X, -X, +Y dan -Y. berikut adalah contohnya :

Screenshot from 2015-07-12 20:35:14oke, cukup sekian dan semoga bermanfa’at!

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s