menghilangkan periodisitas di VMD

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh..

ketika kita melakukan visualisasi trajektori simulasi dinamika molekular dengan VMD terkadang gambar yang muncul tidak karuan, hal ini disebabkan karena periodisitas trajektori simulasi.

untuk menghasilkan gambar yang lebih bagus kita bisa menggunakan “representasi” Dynamics Bond. oh ya, juga display-nya

berikut adalah contoh trajektori yang masih tidak “karuan” bentuknya

1

dan berikut setelah menggunakan representasi DynamicsBond dan CPK. oh ya, bond radius di CPK di set 0 ya.

2

dan pilih update trajectory untuk setiap frame

3

Oke, cukup sekian dan semoga bermanfa’at!

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s