visualisasi ikatan hidrogen VMD

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh…

kali ini kita akan mencoba melakukan visualisasi ikatan hidrogen dalam air menggunakan VMD. Langkah yang kita gunakan sama dengan visualisasi sebelumnya, hanya saja drawing methodnya yang diganti menggunakan HBond.

seperti biasa, buka file trajektori kalian dengan VMD kemudian lakukan seleksi berikut :
hbond1
cut off untuk ikatan hidrogen bisa diatur, kalau dalam referensi yang saya baca, mereka menggunakan 2.5. jangan lupa juga ya, klik update selection diaktifkan.
hbond2
oke, cukup sekian dan semoga bermanfa’at!

One thought on “visualisasi ikatan hidrogen VMD

  1. Pingback: visualisasi sphere kulit solvasi pertama VMD – END | neax502's simple blog

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s