Visualisasi pertukaran ligan dengan VMD

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh…

 

Kali ini kita akan mencoba melakukan visualisasi reaksi pertukaran ligan menggunakan VMD. saya asumsikan kalian sudah punya file trajektori .xyz dari simulasi dinamika molekular. pertama-tama buka file tersebut menggunakan VMD, lalu pilih representasi seperti pada Gambar 1.

selection

di sini saya melakukan simulasi ion logam dalam amoniak cair dan yang divisualisasikan adalah pertukaran ligan antara kulit solvasi pertama-kulit solvasi kedua dan kulit solvasi kedua-fasa ruah. kira-kira hasilnya nanti seperti ini.displaynah, agar pertukaran ligan terlihat jelas, maka molekul amoniak di kulit solvasi pertama dan kedua ditampilkan dengan drawing method yang berbeda. jika nanti ada molekul amoniak dari kulit solvasi kedua yang masuk ke solvasi pertama secara otomatis tampilannya berubah menjadi CPK,sebaliknya nanti tampilannya berubah menjadi licorice. untuk itu, di seleksi kedua dan ketiga fitur update selection every frame di tab trajectory harus diaktifkan. nah sekarang tinggal dilihat saja animasi dari VMD.

updateoke cukup sekian dan semoga bermanfa’at!

One thought on “Visualisasi pertukaran ligan dengan VMD

  1. Pingback: visualisasi sphere kulit solvasi pertama VMD – END | neax502's simple blog

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s