velocity auto-correlation functions

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh…

Karena ada sedikit mis bagaimana mendapatkan vibrasi antara ion dengan ligan melalui simulasi dinamika molekular maka lahirlah tulisan singkat ini.

Data dinamika berupa vibrasi ligan-ion pusat ditentukan dari velocity auto-correlation functions (VACF). Bentuk ternormalkan dari VACFs diberikan pada persamaan di bawah

vacfN merupakan jumlah partikel, N_t adalah jumlah durasi waktu yang digunakan untuk analisis, t_I dan v_J menunjukkan komponen kecepatan dari partikel J. Data yang dihasilkan masih berupa “time correlation function” sehingga untuk mendapatkan spektra vibrasi harus dianalisis lebih lanjut menggunakan transformasi Fourier.

kira-kira visualisasinya seperti ini :

vacf2vacf3(dua gambar ini saya peroleh dari presentasinya Lorenz R Canaval tahun lalu di AIC)

Bentuk transformasi Fourier yang digunakan adalah sebagai berikut :

ft

maka akan dihasilkan power spektra untuk waktu selama t_corr yang akan berkaitan dengan ukuran “jendela” korelasi. ω merupakan frekuensi. eksponensial sering digunakan untuk sinyal dengan panjang yang terbatas dengan damping parameter, a=4.

oke cukup sekian dan semoga bermanfa’at.

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s