install GAMESS dengan OpenMPI

Assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh..

Kali ini kita akan membahas bagaimana menginstall GAMESS dengan OpenMPI karena meskipun kita memiliki banyak prosesor tapi default GAMESS akan menggunakan satu buah prosesor saja. Untuk itu siapkan dulu OpenMPInya, cara menginstall OpenMPI bisa dibaca di tulisan ini.

Kita perlu mengedit beberapa script GAMESS sebelum melakukan kompilasi antara lain di :

comp :  skip the “file get environment hack”

if (($GMS_DDI_COMM == mpi) || ($GMS_DDI_COMM == mixed)) then
switch ($GMS_MPI_LIB)
case impi:
case mvapich2:
case myrinet:
case openmpi:
set FGEhack=false

compddi :
case openmpi:
set COMM=”mpi”
set MPI_INCLUDE_PATH = ‘/usr/local/openmpi/include’

lked :
case openmpi:
set MPILIBS=”-L$GMS_MPI_PATH/lib”
set MPILIBS=”$MPILIBS -lmpi”

dan untuk rungms karena aku tidak menggunakan kluster melainkan core i5 maka hanya ini yang kutambahkan :
if ($TARGET == mpi) then
@ NPROCS = $NCPUS + $NCPUS
/usr/local/openmpi/bin/mpirun -np $NPROCS /home/$USER/program/gamess/gamess.$VERNO.x $JOB
endif

opsi yang lain aku hilangkan saja. Langkah kompilasinya sama dengan GAMESS yang biasanya, berikut adalah isi dari file install.info yang kugunakan

#!/bin/csh
#   compilation configuration for GAMESS
#   generated on debian
#   generated at Sat Nov 16 17:28:38 WIT 2013
setenv GMS_PATH            /home/neax/program/gamess
setenv GMS_BUILD_DIR       /home/neax/program/gamess
#         machine type
setenv GMS_TARGET          linux64
#         FORTRAN compiler setup
setenv GMS_FORTRAN         gfortran
setenv GMS_GFORTRAN_VERNO  4.6
#         mathematical library setup
setenv GMS_MATHLIB         mkl
setenv GMS_MATHLIB_PATH    /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/mkl//lib/intel64
setenv GMS_MKL_VERNO       12
#         parallel message passing model setup
setenv GMS_DDI_COMM        mpi
setenv GMS_MPI_LIB         openmpi
setenv GMS_MPI_PATH        /usr/local/openmpi

Sebelum menjalankan GAMESS pastikan semua telah di-setup, seperti folder scratch, alamat binary GAMESS dan set TARGET=mpi. Untuk menjalankan GAMESS kita bisa menggunakan perintah berikut (aku asumsikan kita berada di folder utama GAMESS)

$ ./rungms JOB VERNO NCPUS
JOB adalah file input
VERNO adalah version number GAMESS yang kalian masukkan
NCPUS adalah jumlah prosesor

misalnya

$ ./rungms tes.inp 00 4

Oke cukup sekian dan jika ada yang bisa menggunakan cara yang lebih baik silakan di-share dan semoga bermanfa’at!

#readmi.ddi

# http://ccmst.gatech.edu/wiki/index.php?title=GAMESS

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s