CPMD basic bagian 1a : input single point

Assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh..

Lama juga ya tidak membahas CPMD hehe. CPMD merupakan metode yang memerlukan banyak job, jadi agak bingung juga mau membahas dari mana dulu dan setelah kupikir-pikir ada baiknya ditulis dari yang paling sederhana kemudian bertahap ke yang lebih rumit.

Input CPMD bisa diketik manual, kecuali untuk membuat struktur molekul kita bisa menggunakan program lain seperti Molden atau yang lainnya. Setiap blok perintah dalam input diawali dengan &NAME (nama perintah) dan diakhiri dengan &END. Input CPMD tidak case sensitive sehingga bebas mau ditulis dalam huruf kapital atau huruf kecil biasa. Dalam sebuah file input minimal harus terdapat &CPMD, &SYSTEM, dan &ATOMS (perintah lengkap CPMD bisa dibaca di manual CPMD).

Mari kita lihat contoh file input untuk single point, katakanlah etanol.

blok &INFO untuk memberi komentar pada job yang akan dikerjakan
info
blok &CPMD berisi perintah untuk optimasi fungsi gelombang (OPTIMIZE WAVEFUNCTION, misalnya single point) ; CONVERGNCE ORBITALS kriteria konvergensi yang digunakan, kriteria yang diberikan ini termasuk very tight karena defaultnya adalah 1.0d-5. ; CENTER MOLECULE ON untuk meletakkan molekul di tengah-tengah kotak simulasi ; PRINT FORCES ON untuk menampilkan gaya dalam setiap iterasi yang digunakan.

cpmd
blok &SYSTEM beriis perintah untuk mengeset sistem simulasi kita; SYMMETRY, nilai yang akan dibaca di keyword ini adalah 0 yang berarti sistem kita adalah molekul terisolasi dalam kotak kubus atau ortorombik. ANGSTROM ; menyatakan semua satuan panjang dari kotak simulasi dan koordinat atom dalam angstrom bukan atomic unit (a.u) ; CELL untuk menyatakan ukuran kotak simulasi, urutannya a, b/a, c/a, cos alfa, cos beta dan cos gamma. ; CUTOFF menyatakan cut off plane wave basis set, dalam Rydberg, 85 termasuk besar lho, sekitar ada 115648 fungsi basis yang akan digunakan

simetri
blok &DFT sudah cukup jelas, menyatakan jenis fungsional DFT yang akan digunakan.

dft
blok &ATOMS menyatakan koordinat atom dam pseudopotensial. Untuk setiap jenis atom baru diawali dengan tanda * di baris pertama kemudian diikuti nama pseudopotensial yang digunakan dan metode yang digunakan untuk menghitung nonlocal parts dari pseudopotensial serta bagaimana style yang digunakan untuk menulis informasi dari nonlocal part ; baris berikutnya adalah jumlah jenis atom, dalam etanol ada 2 atom C, maka ditulis 2 dan dibawahnya adalah koordinat atom.

atoms
Hasil dari running CPMD ada beberapa file antara lain : file RESTART.1. LATEST (dua yang paling penting dan berisi keadaan akhir dari sistem ketika program CPMD berhenti), GEOMETRY.xyz yang berisi koordinat atom yang dapat divisualkan dengan berbagai macam program dan file GSHELL, GEOMETRY dapat diabaikan.

Dengan demikian selesailah sudah penjelasan tentang input untuk single point menggunakan CPMD, penjelasan lebih detail dapat teman-teman temukan di manual CPMD. Insya Allah lain kali kita sambung lagi. Cukup sekian dan semoga bermanfa’at!

# bagian teoritis tentang CPMD masih dalam tahap editing, semoga cepat selesai hehe🙂

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s