instalasi CPMD Linux Ifort Debian

Assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh..

Akhirnya aku kembali ke lab AIC! Bertemu dengan teman-teman baru karena kebanyakan dari mereka yang kukenal dulu telah lama lulus atau sedang persiapan sandwich ke Austria. Beberapa hari yang lalu aku sempat berdiskusi dengan Mas Andrian, salah satu mahasiswa S2 yang sedang mengerjakan penelitian di AIC. Salah satu hasil diskusi tersebut adalah tentang CPMD, mengingat belum ada yang mengerjakan penelitian dengan CPMD.

Apa itu CPMD? CPMD adalah singkatan dari Car-Parrinello Molecular Dynamics, salah satu metode simulasi dinamika molekular menggunakan DFT (detailnya insya Allah akan kutulis di kesempatan mendatang). Beberapa program yang mengimplementasikan CPMD antara lain NWChem, cp2k dan cpmd. Cpmd merupakan program standar untuk simulasi CPMD, hasil kerja sama dengan IBM dengan Max Planck Institute. Program ini gratis dan bisa di-request di cpmd.org (saranku alamat email yang akan diisikan sebaiknya menggunakan email domain kampus saja).

Instalasi cpmd cukup tricky karena beberapa kompiler Fortran bisa digunakan dan tidak ada aturan standar tentang lokasi library pendukung. Oke, kita mulai saja dari instalasi cpmd. Pastikan kalian telah mendownload semua file program cpmd dari cpmd.org, termasuk pseudopotensial, file-file test dst.

1. ekstrak cpmd

$ tar zxfv cpmd-v3_17_1.tar.gz

2. pindah ke direktori CPMD

$ cd CPMD

3. perhatikan isi folder CONFIGURE, di sana terdapat banyak template untuk konfigurasi cpmd di berbagai jenis prosesor dan OS, di sini aku menggunakan yang IFORT-AMD64, intinya sih perhatikan kompiler fortran dan C yang kalian punya, arsitektur prosesor dan jumlah prosesor yang kalian miliki, karena aku hanya menggunakan satu prosesor maka tidak perlu memakai MPI atau SMP.

4. copy-kan file template yang sudah kalian pilih ke folder utama cpmd

$ cp CONFIGURE/IFORT-AMD64 .

5. buat Makefile

$ ./mkconfig.sh IFORT-AMD64 > Makefile

6. edit Makefile
berikut adalah Makefile yang aku gunakan
#—————————————————————————-
# Makefile for cpmd.x (plane wave electronic calculation)
# Configuration: IFORT-AMD64
# Creation of Makefile: Sep  7 2013
# on Linux debian 3.2.0-4-amd64 #1 SMP Debian 3.2.41-2 x86_64 GNU/Linux
# Author: rigaku
#—————————————————————————-
#
SHELL = /bin/sh
#
#————— Default Configuration for IFORT-AMD64 —————
SRC  = .
DEST = .
BIN  = .
FFLAGS = -pc64 -O2 -unroll
LFLAGS = -L/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/mkl/lib/intel64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core  -L/usr/local/lib -lfftw3
CFLAGS = -O2 -Wall -m64
CPP = /lib/cpp -P -C -traditional
CPPFLAGS = -D__Linux -D__PGI -DPOINTER8 -DLINUX_IFC -DFFT_FFTW3
NOOPT_FLAG =
CC = gcc
FC = ifort -c
LD = ifort -i-static
AR = ar

7. kompilasi menggunakan perintah make, jika kalian menggunakan multiprosesor bisa juga menggunakan make -j4 (4 prosesor yang digunakan)

8. tes menggunakan file yang ada di cpmd-test.tar.gz, di sini aku menggunakan single point etanol. Copykan saja file default.inp beserta file psesudo potensial untuk C, H dan O ke folder utama cpmd.

$ ./cpmd.x default.inp > tes5.out

9. setting cpmd dan library pseudopotensial agar bisa dikenali secara otomatis, tambahkan saja beberapa baris di .bashrc

export PP_LIBRARY_PATH=/home/rigaku/neax/program/cpmd/PP_LIBRARY/:$PP_LIBRARY_PATH -> lokasi file pseudopotensial
export PATH=/home/rigaku/neax/program/cpmd/CPMD:$PATH -> lokasi file binary cpmd hasil kompilasi

Oke, sampai di sini aku rasa sudah cukup tentang instalasi cpmd. Cukup sekian dan semoga bermanfa’at!

notes :

1. aku sudah mencoba menginstall menggunakan library openblas, hasilnya nihil. Job mati di tengah jalan😦
2. jika diperlukan kita bisa juga menginstall cpmd2cube, caranya
-> ekstrak file cpmd2cube.tar.gz dan pindah ke folder cpmd2cube
-> $ ./Configure Linux-AMD64-IFORT > Makefile (perhatikan jenis prosesor, kompiler dan OS yang digunakan)
-> make
# http://linuxtoolkit.blogspot.com/2010/05/installing-cpmd-with-openmpi-intel.html

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s