install openblas library linux and linking with NWChem

Assalamu’alaikum warahmatullahi wabarkatuh..

Ketemu lagi nih, hehe setelah lama gak update, sekarang ada mood untuk update lagišŸ˜€. Kali ini kita akan membahas bagaimana cara instalasi OpenBlas. OpenBlas adalah fork dari GOTOBLAS2 yang dulu dihandle oleh Kazushige Goto tetapi saat ini proyek itu sudah tidak di-maintain lagi. Setelah itu, beberapa proyek kemudian dirilis salah satunya adalah openblas.

Perlu diketahui bahwa di platform intel, library blas dan lapack yang tercepat dimiliki oleh intel mkl dan gotoblas/openblas. library blas dan atlas bawaan kebanyakan distro linux ternyata cukup lambat bila dibandingkan dengan mkl dan gotoblas/openblas. mkl sendiri bisa di-request atau dibeli dari intel, jika ingin yang gratis dapat direquest bersamaan dengan intel fortran compiler melalui non commercial software intel. Instalasi mkl sama dengan intel fortran dan sudah pernah dibahas di blog ini, silakan baca tulisan ini.

Instalasi openblas sebenarnya mudah, siapkan compiler gfortran, kemudian koneksi internet karena kita akan membutuhkan lapack. Berikut adalah cara sederhana instalasi openblas.

1. download openblas, gunakan saja versi stable atau jika kalian menggunakan sandybridge, bisa juga download versi sandybridge. untuk download kita bisa menggunakan git.

git clone git://github.com/xianyi/OpenBLAS.git

2. download gfortran

apt-get install gfortran

3. masuk ke direktori openblas dan kompilasi menggunakan perintah

make NO_AFFINITY=1 USE_OPENMP=1

untuk 64 bit dan kompiler gfortran bisa ditambahkan BINARY=64 FC=gfortran.

4. opsional, make install

make PREFIX=/your_installation_path/ install misalnya ke /usr/local/openblas

kemudian kita bisa mengatur agar library openblas bisa dikenali dengan cara

export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/openblas/lib:$LD_LIBRARY_PATH

Openblas ini bisa digunakan untuk kompilasi NWchem, caranya dengan menambahkan di opsi BLASOPT

export BLASOPT=”-L/usr/local/openblas/lib -lopenblas”

One thought on “install openblas library linux and linking with NWChem

  1. Pingback: enable large page linux, enhance openblas performance « neax502 simple blog

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s