compiling NWChem 6.3

Assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh..

Kabar baik bagi para pecinta kimia komputasi bahwasanya NWChem terbaru sudah dirilis dan ditambah dengan beberapa metode baru serta perbaikan bug. Kabar buruknya, ternyata NWChem ini menurut beberapa tes Nwchem ini lebih lambat daripada versi lama😦.

Salah satu hal yang ditengarai sebagai penyebab turunnya performa NWChem adalah perubahan dari ARMCI_NETWORKS=SOCKETS menjadi ARMCI_NETWORK=MPI-TS. Dua patch telah dibuat untuk memperbaiki performa NWChem 6.3 (bisa di cek di forum NWChem). Bagi yang sudah terlanjur mengkompilasi NWChem, patch bisa ditambahkan kemudian di link ulang. Cara instalasinya sama saja dengan NWChem versi lama, misalnya seperti ini (oia,ada baiknya patch dulu NWChem dan untuk yang multicore atau multi node tambahkan export ARMCI_NETWORKS=SOCKETS).

buat skrip sederhana yang isinya

#! /bin/bash

echo lets build!
export NWCHEM_TOP=`pwd`
cd $NWCHEM_TOP/src
echo `pwd`
export NWCHEM_TARGET=LINUX64
export NWCHEM_MODULES=”all python”
export PYTHONHOME=/usr/
export PYTHONVERSION=2.7
export USE_PYTHON64=y
export MKLROOT=/opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/mkl/
export BLASOPT=”-L$MKLROOT/lib/intel64  $MKLROOT/lib/intel64/libmkl_blas95_ilp64.a  $MKLROOT/lib/intel64/libmkl_lapack95_ilp64.a -lmkl_intel_ilp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lpthread -lm”
export ifort=”ifort -i8 -I$MKLROOT/include/intel64/ilp64  -I$MKLROOT/include”
export export USE_FFTW3=yes
export FFTW3_LIB=/usr
export USE_MPI=y
export USE_MPIF=y
export USE_MPIF4=y
export MPI_LOC=/usr
export MPI_INCLUDE=/usr
export MPI_LIB=/usr/local/openmpi/lib
export TCGRSH=/usr/bin/ssh
export LIBMPI=”-lmpi -lopen-rte -lopen-pal -ldl -lmpi_f77 -lpthread”

kemudian simpan di folder utama nwchem dan untuk memakainya tinggal source nama_skrip.sh, selanjutnya tinggal make nwchem_config dan make FC=ifort (karena saya menggunakan intel fortran). Setelah selesai kompilasi kita dapat membuat file .nwchemrc yang isinya

export NWCHEM_NWPW_LIBRARY=alamat folder nwchem/src/nwpw/libraryps
export NWCHEM_BASIS_LIBRARY=alamat folder nwchem/src/basis/libraries
export NWCHEM_SCRATCH_DIR=alamat folder scratch
#setenv NWCHEM_PERMANENT_DIR /data
export NWCHEM_MEMORY_TOTAL=50000000 # 400 MB, double precision words only
export NWCHEM_MEMORY_HEAP=12500000 # 100 MB, double precision words only
export NWCHEM_MEMORY_STACK=12500000 # 100 MB, double precision words only
export NWCHEM_MEMORY_GLOBAL=25000000 # 200 MB, double precision words only

tinggal sesuaikan saja dengan path ke binary NWChem kalian. Oke cukup sekian dan semoga bermanfa’at!

# COSMO di NWChem sekarang lebih reliable dan lebih cepat😀

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s