build FMO input using fmoutil, simple example

Setelah dalam dua tulisan yang lalu kita membahas bagaimana cara membuat input sederhana FMO by hand sekarang kita akan membahas bagaimana membuat input menggunakan fmoutil. Fmoutil bisa ditemukan di gamess/tools/fmo/fmoutil berikut dengan contoh file pdb, input dan outputnya.

Pertama-tama kita compile dulu fmoutil.f menggunakan gfortran atau intel fortran

$ ifort -o fmoutil fmoutil.f

setelah kompilasi selesai maka akan ada file binary fmoutil. Oia, selain di fmo yang dibawa oleh GAMESS, fmoutil dapat didownload secara langsung dari webnya. Untuk menggunakan fmoutil diperlukan file pdb, berikut screenshot file pdb yang diperlukan :
1
Dari beberapa tes yang telah kucoba, fmoutil tidak bisa membaca hidrogen untuk sistem selain protein, asam amino, contohnya adalah ketika menggunakan etanol-air, hidrogen tidak bisa terbaca. Namun, hal ini bukan terlalu hal yang perlu dipermasalahkan. Hal lain yang kutemukan adalah bila sistem kita bukan asam amino, sakarida, DNA, nukleotida maka fmoutil tidak bisa mem-fragmen ikatan secara otomatis, lain halnya bila sistem kita salah satu dari yang telah kusebutkan sebelumnya.

Dalam contoh ini aku menggunakan file pdb yang dibawa oleh fmoutil. Kalian bisa menyesuaikan sendiri sesuai dengan kebutuhan.
2
$ ./fmoutil

>>> FMOutil ver.2.1, Copyright (C) 2004-07 AIST <<<
>>>      produced along with GAMESS FMO 3.0     <<<
FMOutil comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY; for details type “show”.

Enter Job # :
1. Generate FMO input data for GAMESS
2. Add hydrogen atoms to PDB data
3. Report geometrical parameters
4. Find nearby residues
0 or Enter Key. Quit

1
Enter Input PDB File(s) :

tes.pdb
Enter Output File :

tes3.inp
1> How many computer nodes do you want to use ?

1
1> How many CPU cores does each node have ?

1
1> How much memory does each node have (in megabyte) ?

500
1> Choose runtyp (1:energy, 2:gradient, 3:geometry optimization)

1
1> How many layers do you want to define (1-5) ?

1
1> Choose wavefunction type (1:RHF, 2:DFT, 3:MP2, 4:CC, 5:MCSCF)

1
1> Enter basis set (1:STO-3G, 2:3-21G, 3:6-31G, 4:6-31G*, 5:6-311G*)

1
1> The STO-3G basis sets of GAMESS for the 2nd row atoms are different
1> from the original ones. Which basis do you use ? (1:GAMESS, 2:Original)

2
1> Enter the desired n-body expansion (2 or 3) ?

2
1> Would you like to perform the pair analysis (PIEDA) ? (1:yes, 2:no)

2
1> Would you like to print Mulliken charges (1:yes, 2:no) ?

1
1> Would you like to produce a cube file with the total electron density ?
(1:no, 2:standard, 3:sparse)

1
1> Whould you like to use PCM ? (1:yes, 2:no)

2
1> Enter fragment size (1:1res-per-frg, 2:2res-per-frg)

1
1> are S-S bonded CYSs combined to one ? (1:yes, 2:no)

1
1> is GLY combined to the neighbor ? (1:yes, 2:no)

1

Enter Job # :
1. Generate FMO input data for GAMESS
2. Add hydrogen atoms to PDB data
3. Report geometrical parameters
4. Find nearby residues
0 or Enter Key. Quit
Berikut adalah input fmo yang dibuat menggunakan fmoutil
!———————————————————————–
! Created by FMOutil … Tue Apr 23 17:26:04 2013
! Input File: tes.pdb
!———————————————————————–
$contrl runtyp=energy nprint=-5 $end
$system mwords=53 $end
$gddi ngroup=1 $end
$intgrl nintic=-33000000 $end
$scf dirscf=.f. npunch=0 $end
$fmoprp
ngrfmo(1)=1,1,0,0,0,  0,0,0,0,0
naodir=220
nprint=9
$end
$fmo
nlayer=1
nfrag=39
icharg(1)= 1, 0, 0, 0, 0,   0, 0, 0, 0, 1,
0, 0, 0, 0, 0,   0, 1, 0, 0, 0,
0,-1, 0, 0, 0,   0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0,  -1, 0, 0,-1
frgnam(1)= thr001, thr002, cys003, cys004, pro005,
ser006, ile007, val008, ala009, arg010,
ser011, asn012, phe013, asn014, val015,
cys016, arg017, leu018, pro019, gly020,
pro022, glu023, ala024, ile025, ala027,
thr028, tyr029, thr030, ile033, ile034,
ile035, pro036, gly037, thr039, pro041,
gly042, tyr044, ala045, asn046
indat(1)= 0
1      2      5    -16      0
3      4     17     18     21    -30      0
19     20     31     32     35    -40
542    543    554    555    558   -563      0
33     34     41     42     45    -50
437    438    442    443    446   -451      0
43     44     51     52     55    -64      0
53     54     65     66     69    -75      0
67     68     76     77     80    -94      0
78     79     95     96     99   -110      0
97     98    111    112    115   -120      0
113    114    121    122    125   -144      0
123    124    145    146    149   -155      0
147    148    156    157    160   -169      0
158    159    170    171    174   -189      0
172    173    190    191    194   -203      0
192    193    204    205    208   -219      0
206    207    220    221    224   -229
349    350    366    367    370   -375      0
222    223    230    231    234   -253      0
232    233    254    255    258   -272      0
256    257    273    274    277   -286      0
275    276    287   -295    298   -307      0
296    297    308    309    312   -321      0
310    311    322    323    326   -336      0
324    325    337    338    341   -346      0
339    340    347    348    351   -365      0
368    369    376    377    380   -385      0
378    379    386    387    390   -399      0
388    389    400    401    404   -420      0
402    403    421   -436    439   -441      0
444    445    452    453    456   -470      0
454    455    471    472    475   -489      0
473    474    490    491    494   -508      0
492    493    509    510    513   -522      0
511    512    523   -531    534   -539      0
532    533    540    541    544   -553      0
556    557    564    565    568   -577      0
566    567    578   -586    589   -596      0
587    588    597    598    601   -617      0
599    600    618    619    622   -627      0
620    621    628   -642      0
$end
$fmohyb
STO-3G       5   5
1 0  -0.117784   0.542250   0.000000   0.000000   0.850773
0 1  -0.117787   0.542268   0.802106   0.000000  -0.283585
0 1  -0.117787   0.542268  -0.401053  -0.694646  -0.283585
0 1  -0.117787   0.542268  -0.401053   0.694646  -0.283585
0 1   1.003620  -0.015003   0.000000   0.000000   0.000000
MINI         5   5
1 0  -0.104883   0.308874   0.000000   0.000000   0.521806
0 1  -0.104883   0.308874   0.491961   0.000000  -0.173934
0 1  -0.104883   0.308876  -0.245980  -0.426050  -0.173933
0 1  -0.104883   0.308876  -0.245980   0.426050  -0.173933
0 1   0.988209   0.063992   0.000000   0.000000   0.000000
$end
$fmobnd
-2     3  STO-3G      MINI
-18    19  STO-3G      MINI
-541   542  STO-3G      MINI
-32    33  STO-3G      MINI
-436   437  STO-3G      MINI
-42    43  STO-3G      MINI
-52    53  STO-3G      MINI
-66    67  STO-3G      MINI
-77    78  STO-3G      MINI
-96    97  STO-3G      MINI
-112   113  STO-3G      MINI
-122   123  STO-3G      MINI
-146   147  STO-3G      MINI
-157   158  STO-3G      MINI
-171   172  STO-3G      MINI
-191   192  STO-3G      MINI
-205   206  STO-3G      MINI
-348   349  STO-3G      MINI
-221   222  STO-3G      MINI
-231   232  STO-3G      MINI
-255   256  STO-3G      MINI
-274   275  STO-3G      MINI
-295   296  STO-3G      MINI
-309   310  STO-3G      MINI
-323   324  STO-3G      MINI
-338   339  STO-3G      MINI
-367   368  STO-3G      MINI
-377   378  STO-3G      MINI
-387   388  STO-3G      MINI
-401   402  STO-3G      MINI
-443   444  STO-3G      MINI
-453   454  STO-3G      MINI
-472   473  STO-3G      MINI
-491   492  STO-3G      MINI
-510   511  STO-3G      MINI
-531   532  STO-3G      MINI
-555   556  STO-3G      MINI
-565   566  STO-3G      MINI
-586   587  STO-3G      MINI
-598   599  STO-3G      MINI
-619   620  STO-3G      MINI
$end
$data
please give comments here
C1
h.1-1    1
sto 3

c.1-1    6
sto 3

n.1-1    7
sto 3

o.1-1    8
sto 3

s.1-1   16
s 3
1  .5331257359E+03   .1543289673E+00
2  .9710951830E+02   .5353281423E+00
3  .2628162542E+02   .4446345422E+00
l 3
1  .3332975173E+02  -.9996722919E-01  .1559162750E+00
2  .7745117521E+01   .3995128261E+00  .6076837186E+00
3  .2518952599E+01   .7001154689E+00  .3919573931E+00
l 3
1  .2029194274E+01  -.2196203690E+00  .1058760429E-01
2  .5661400518E+00   .2255954336E+00  .5951670053E+00
3  .2215833792E+00   .9003984260E+00  .4620010120E+00

$end
$fmoxyz
1      N           17.04700089       14.09899998        3.62500000
2      C           16.96699905       12.78400040        4.33799982
3      C           15.68500042       12.75500011        5.13299990
4      O           15.26799965       13.82499981        5.59399986
5      C           18.17000008       12.70300007        5.33699989
6      O           19.33399963       12.82900047        4.46299982
7      C           18.14999962       11.54599953        6.30399990
8      H           16.99600029       11.95499992        3.63000011
9      H           18.15099907       13.49499989        6.08599997
10      H           20.13599968       12.78999996        4.98999977
11      H           19.03000069       11.59300041        6.94500017
12      H           17.25099945       11.60099983        6.91699982
(koordinat atom sengaja tidak kutampilkan semua karena terlalu banyak)

kalian bisa mengeksplorasi sendiri cara menggunakan fmoutil sesuai dengan kebutuhan. Bahasan terakhir tentang cara membuat input fmo adalah menggunakan facio (bersambung)

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s