computational chemistry software’s citation

Assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh..

Ujian skripsiku sudah lebih dari setengah tahun lalu, tapi masih saja ada beberapa hal yang kuingat dari sana, salah satunya pertanyaan dari penguji setelah melihat daftar pustakaku. Waktu itu beliau bertanya begini:

Penguji:”ini sitasi yang banyak sekali ini apa?” (maksudnya sitasi untuk Gaussian 03 yang kupakai).
Neax   :”ini sitasi untuk Gaussian 03 pak”.
Penguji:”Apa memang seperti ini?”
Neax   :”Iya, pak”.
Ketika aku selesai menjawab seperti itu tiba-tiba saja pembimbingku menyalahkan sitasi itu (lho, bukannya aku cuma mengikuti apa yang ada di jurnal-jurnal itu, kok salah sih?)
Pembimbing : bener pak, sitasi ini salah, bukan seperti ini sitasi untuk Gaussian, coba kamu cari jurnalnya.
Neax   :”Oh, ya pak”
Penguji:”ini aneh sekali, karena menurut saya Gaussian itu kan masuk ke alat, jadi tidak perlu disitasi, lha wong saya pake TEM saja tidak pernah mensitasinya kok”

Karena aku tidak mau repot akhirnya aku hapus saja sitasi Gaussian itu dari skripsiku. Mengapa sih kita harus mensitasi program kimia komputasi yang kita gunakan? Kata salah seorang dosenku dulu itu sebagai wujud rasa terima kasih kita pada mereka yang sudah bersusah payah menciptakan program tersebut. Hmm, bisa jadi juga itu mengetahui apakah suatu institusi menggunakan software ilegal atau tidak (karena kalau yang digunakan ilegal tentu bisa membawa masalah).

Penjelasan yang agak ilmiah mungkin seperti yang berikut :

Banned By Gaussian

Brief “Guidelines for Theoretical Calculations” can be found in the ACS journals where editorial policies are discussed, e.g., the first issue of the year of J. Phys. Chem. A, etc. The detailed guidelines are outlined in the following articles:

1. Pure Appl. Chem. 1998, vol. 70, p. 1015
2. Pure Appl. Chem. 1998, vol. 70, p. 2047

The second paper is the most relevant. In the abstract it says: “For the publication of research results, the chemical sciences community has had a long history of requiring authors to provide sufficient data so that their research results and procedures can be (1) understood, (2) critically evaluated, and (3) replicated by other competent scientists. The emergence of computational chemistry as a distinct area of research presents new challenges in defining criteria to meet these obligations. While much of the long-standing paradigm for experimental chemistry can be directly transferred to computational chemistry, some differences are apparent. A computational study does not give a product for which one can measure physical properties, nor are percent yields and recoveries available to demonstrate experimental success. Nonetheless, it is imperative that computational results be able to withstand the same scientific scrutiny as experimental ones.”

And among the conclusions are:

2. “Reproducibility of computations should be a defining goal in reporting computational results. Sufficient technical details should be provided to allow a reader to reproduce the results of any calculations. Note that strict reproducibility of computations may be precluded by differences among computers (e.g., differences in operating systems, host-based algorithms, machine precision, etc.), software (e.g., installation procedures and programming modifications), and applications (e.g., for probabilistic methods such as Monte Carlo calculations).”

and

5. “An adequate specification of the computer program used to carry out the calculations is essential. If the calculations were carried out with commercially available software, the investigator must list the source, version number, and force field employed. Any program modifications and any differences from the published version (including changes in parameters) must be fully described or available to other investigators upon request. Changes in parameters, program options (e.g., dielectric constant, nonbonded cutoffs, etc.) affecting reproducibility of the calculation, and program constraints must be fully described in the article. If the program is not available, commercially or otherwise, the authors must specify sufficient detail that the calculation could be reproduced.”

(diambil dari web bannedbygaussian.org)

Jika kita menyimak sitasi Gaussian maka kita bisa tahu versi berapa yang digunakan, sehingga jika kampus kita punya Gaussian tentu kita bisa mengulang perhitungan tersebut.

Cara mensitasi sebuah program kimia komputasi biasanya sudah ada di manual program tersebut, atau paling tidak di file outputnya. Untuk sitasi Gaussian bisa dilihat di web resmi Gaussian -> http://gaussian.com/g_tech/g_ur/m_citation.htm

Lalu apa sebenarnya yang dimaksud oleh pembimbingku dulu? Ternyata setelah aku membaca disertasinya mungkin ini yang beliau maksud kan -> Frisch, M. J.; Krishnan, R.; Pople, J. A. Chem. Phys. Lett. 1980, 75, 66. Namun demikian, hal ini jarang kujumpai di jurnal.

Oke, cukup sekian saja dan semoga bermanfa’at!

#Oia, ada juga program yang disitasi sesuai dengan alamat web program tersebut, misalnya saja ChemCraft

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s