bond critical point analysis with extreme utility

Assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh..

Beberapa waktu lalu kita telah berhasil mengkompilasi program AIMPAC dengan kompiler intel fortran namun belum sempat menggunakannya. Nah, pada kali ini kita akan mencoba menggunakan program tersebut, tepatnya program extreme untuk menentukan bond critical point dari sebuah sistem.

Untuk menggunakan program extreme kita perlu file .wfn. File ini bisa dibuat secara otomatis baik di Gaussian ataupun di GAMESS. Untuk Gaussian, tambahkan saja perintah output=wfn dan masukkan nama file .wfn 1 blank line setelah koordinat molekul. Nah, di akhir perhitungan akan muncul file .wfn. Sedangkan, di GAMESS, file ini bisa dibuat dengan menambahkan perintah AIMPAC=.TRUE. di $CONTRL atau dengan mengaktifkan interface untuk program AIMPAC. Memang tidak seperti Gaussian yang secara otomatis membuat file .wfn di direktori job, .wfn ini harus dicari di file *.dat di folder scratch GAMESS. Ambil bagian di antara —– TOP OF INPUT FILE FOR BADER’S AIMPAC PROGRAM —– dan —– END OF INPUT FILE FOR BADER’S AIMPAC PROGRAM —–, simpan sebagai file *.wfn.

Program extreme sendiri merupakan program interaktif untuk melakukan beberapa analisis, misalnya kerapatan elektron. Berikut adalah contoh tampilan interaktif dari program extreme. Di mana kita akan mencari kerapatan elektron dan bond critical point antara ikatan Be dengan O

Input file generated by gabedit…
ENTER THE TITLE OF THIS RUN
tes
WHICH SCALAR FIELD TO ANALYZE:
ELECTRON DENSITY, RHO (1)
LAPLACIAN OF RHO, DEL**2(RHO) (2)
LAGRANGIAN KINETIC ENERGY DENSITY, G (3)
HAMILTONIAN KINETIC ENERGY DENSITY, K (4)
NUCLEAR POTENTIAL, Vnuc (5)
POTENTIAL ENERGY DENSITY, V (6)
Enter (1-6):  1

ANALYZING RHO, THE ELECTRON DENSITY

COORDS or NUCLEAR (0), BOND (1), RING (2), CAGE (3), ANGLE (4), POINT (5),
MEGA (6), OPTIONS (7), LIST CURRENT CPs (8), STOP (9)
Enter (1-9)  1

INPUT NUMBERS OF TWO ATOMS TO SEARCH BETWEEN: 8 12

START HALFWAY BETWEEN ATOMS (1) OR ANOTHER FRACTION OF DISTANCE (0) ? 1

SEARCHING BETWEEN ATOMS    8  12

NEW CRITICAL POINT FOUND:  NUMBER    1

DO YOU WANT TO TRACE THE BOND PATH ? (0=no/1=yes) 0

COORDS or NUCLEAR (0), BOND (1), RING (2), CAGE (3), ANGLE (4), POINT (5),
MEGA (6), OPTIONS (7), LIST CURRENT CPs (8), STOP (9)
Enter (1-9)  8

CRITICAL POINTS:
1   3.32435649E+00  4.63525655E+00  0.00000000E+00  O    8  Be  12  (3,-1)

COORDS or NUCLEAR (0), BOND (1), RING (2), CAGE (3), ANGLE (4), POINT (5),
MEGA (6), OPTIONS (7), LIST CURRENT CPs (8), STOP (9)
Enter (1-9)  9

CRITICAL POINTS:
1   3.32435649E+00  4.63525655E+00  0.00000000E+00  O    8  Be  12  (3,-1)
EXTREME IS DONE

Oia, di tempatku program ini selalu crash ketika kita mencoba men-trace bond path, jadi pada opsi trace bond path selalu kumasukkan angka 0/no.

Hasil dari program ini berupa file *.crt yang bisa dibuka menggunakan teks editor biasa. Lalu bagaimana cara menampilkan bond critical point? Sampai saat ini aku belum menemukan caranya, mungkin dengan software khusus untuk analisis AIM bisa menampilkan hasilnya. Cukup sekian semoga bermanfa’at!

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s