gabedit 2.4, my little experience

Assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh..

Aku termasuk orang yang jarang menggunakan versi terbaru sebuah software, kalau masih bisa digunakan dan ada support mengapa harus memakai yang baru, kecuali jika sudah terpaksa baru memakai software baru. Kali ini aku ingin membahas gabedit, sebuah software yang digunakan sebagai interface untuk beberapa program kimia komputasi.

Gabedit, program buatan Abdul-Rahman Allouche, pertama kali kudengar ketika masuk lab kimia komputasi, meski aku jarang menggunakannya ketika mengerjakan skripsi. Gabedit di repo Debian sudah ada, di Debian stable versinya masih 2.2, Debian unstable versinya 2.4.3. Gabedit versi 2.4  ini sudah mendukung NWChem, di mana kita bisa membuat input dan menampilkan hasil perhitungan NWChem.

Gabedit tersedia di beberapa situs penyedia software gratis antara lain di sourceforge.net dan sites.google.com/site/allouchear/Home/gabedit/download. Oke, mari kita bahas sedikit gabedit versi 2.4.6, versi stable nya 2.4.2. Dari segi instalasi sebenarnya sama saja dengan gabedit versi-versi terdahulu, tinggal chmod +x nama_file_gabedit.sh kemudian ikuti saja petunjukknya dan agar gabedit bisa dipanggil kita source dulu .bashrc (kalau menggunakan bash).

Dari segi tampilan pun sama dengan versi lama, tetapi ada beberapa fitur baru yang ditambahkan antara lain interface untuk NWChem. Sekarang kita bisa membuat input NWChem dan memvisualisasikan hasil perhitungan. Hanya saja, untuk membuat input tampilannya masih sederhana dan untuk perintah-perintah sederhana seperti single point, geometri optimasi, frekuensi, dan optimasi + frekuensi baik itu untuk mencari keadaan transisi ataupun minima. Hal ini tentu masih belum cukup mengingat NWChem merupakan program yang kompleks dengan berbagai metode di dalamnya. Untuk metode DFT-nya cukup banyak dan lengkap, begitu juga dengan basis set. Basis set yang disediakan pople style, dunning, jensen dan IGLO. Basis set SDD, Hay, Ahlrich masih belum tersedia dan tampaknya user harus paham range basis set tersebut.
Screenshot
Fitur draw yang ada di menu Geometry pun sudah diperbaharui, hal ini bisa dilihat  dari renderin sticknya yang sudah sangat berbeda bila dibandingkan dengan gabedit versi 2.2 yang sering kupakai. Nah, ini yang membuatku kurang nyaman, ketika kita menggambar struktur kok malah susah (mungkin cuma perasaanku saja) dan aku rasa versi 2.2 masih lebih baik dalam urusan ini. Aku sarankan untuk menggunakan fitur insert fragment saja atau mengimpor struktur. Fitur-nya cukup bagus mengingat gabedit 2.2 sering kesulitan dalam membaca koordinat input gaussian. Sayangnya, ketika aku mencoba mengimport file .xyz kemudian ingin menutup fitur drawatau mengimpor file yang baru, hal ini malah menyebabkan komputerku hang. Hal ini terjadi di gabedit 2.4.6 dan 2.4.2. Jadi sebaiknya backup dulu semua pekerjaan sebelum menggunakan gabedit, untuk jaga-jaga.

Screenshot-1

Untuk fitur-fitur yang lain aku rasa sudah oke, hanya fitur draw yang agak membuatku kurang nyaman. Well, mungkin ini belum cukup untuk membahas gabedit tapi setidaknya bisa memberikan gambaran tentang gabedit 2.4.6. Cukup sekian dan semoga bermanfa’at!

# sebaiknya back up data dan tutup semua aplikasi ketika menggunakan gabedit, jaga-jaga jika hang.
# jika membuka file lain seperti input outputnya NWChem atau Gaussian tidak hang.  Mungkin karena file .xyz yang aku buka terlalu besar jadi hang.

 

 

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s