non-free chemistry software

Assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh…

Sudah lama aku memikirkan hal ini karena aku khawatir nanti malah akan menjadi inspirasi orang untuk mencari software bajakan tetapi setelah dipikir masak-masak yang namanya pembajakan itu sudah ada sebelum tulisan ini aku buat, software kimia yang berbayar.

Di dunia ini banyak sekali software kimia, tidak cuma software yang berdiri sendiri, tetapi ada juga software yang merupakan bawaan dari instrumen, misalnya XRD, IR dan NMR. Yang repot adalah software bawaan instrumen karena terkadang software tersebut sangat spesifik, misalnya hanya berjalan di Microsoft Windows ME yang masih menggunakan disket, lebih repot lagi jika OS yang digunakan sedang bermasalah dan tidak boleh diinstal ulang karena kampus tidak memiliki backup softwarenya. Rata-rata software tersebut digunakan untuk mengolah data yang dikeluarkan oleh instrumen sehingga menghasilkan output yang kita kenal sekarang ini. Karena aku bukan laboran dan jarang yang menggunakan software-software tersebut maka aku tidak akan membahasnya lebih jauh.

Terkadang muncul pertanyaan mengapa sih kebanyakan mahasiswa kimia (paling tidak teman-temanku) menggunakan software bajakan? Entahlah, mungkin karena itu yang mereka tahu atau bagaimana aku kurang tahu. Oke, mari kita bahas sedikit software kimia yang berbayar yang aku kenal dan beberapa di antaranya pernah kupakai.

1. HyperChem

Ini dia salah satu software kimia komputasi yang sering digunakan di kampus(ku). HyperChem menawarkan fungsi yang beragam mulai dari perhitungan standar kimia komputasi, simulasi yang meliputi dinamika molekular, monte carlo, langevin, QM-MM (ah apa lagi ya aku lupa). Menurutku HyperChem merupakan software yang paling mudah digunakan baik dari mulai “menggambar” struktur yang click-drag, menu-menu yang mudah dipahami, mendukung beberapa script Tcl, pesan error yang mudah dimengerti dll. Di HyperChem antara program untuk “menggambar” struktur dan program untuk perhitungan sudah terintegrasi jadi setelah selesai menggambar tinggal di build lalu dioptimasi. Banyak dosen yang mengajar menggunakan HyperChem, ya karena mudah digunakan tadi. Saat ini HyperChem Linux sudah ada, tapi fiturnya tidak sebanyak untuk yang di Windows karena pengembangan HyperChem dari dulu memang berbasis Windows. Yang menjadi kelemahan dari HyperChem adalah (ma’af) dia tidak terlalu menggunakan file-file scratch, semua perhitungan di simpan di RAM, jadi ketika mati listrik atau komputer me-restart maka ucapkanlah selamat tinggal pada file yang sedang dirunning dan tidak bisa direstart (paling tidak ini yang kuketahui, kalo ada cara me-restart perhitungan di HyperChem tolong beritahu ya). Selain click and drag di HyperChem juga sudah tersedia template untuk beberapa senyawa organik seperti asam amino dan anorganik seperti beberapa kristal sederhana serta tersedia juga crystal builder yang sederhana di HyperChem.

2. ChemOffice

Selain HyperChem, software yang biasa aku lihat untuk digunakan secara ilegal adalah ChemOffice, pasti mahhasiswa kimia sudah pernah mengenalnya. Sedikit cerita saja, tahun 2010 kemarin temanku sempat dilabrak oleh Sekretaris Jurusan gara-gara himpunan mahasiswa kimia memposting cara membajak ChemOffice hahaha😀. Mungkin sekarang sudah kapok mereka. CHemOffice terdiri dari beberapa paket program seperti ChemDraw, ChemBio dll. Yang paling sering digunakan adalah ChemDraw untuk menggambar mekanisme reaksi, struktur senyawa organik. Gambar yang dihasilkanpun bagus dan bisa di-export ke bentuk 3D dan Insya Allah (kalau yang menggambar pintar) sudah dijamin benar karena setiap kali ada yang tidak cocok ChemDraw akan mengeluarkan bunyi beep dan muncul kotak merah di titik kesalahan. Fitur lain yang sering digunakan adalah convert name to structure dan sebaliknya. Selain itu, terdapat plug in juga untuk Microsoft Office terutama excel. Sangat disyangkan di pelatihan software kimia yang kuketahui, HyperChem dan ChemDraw bajakan dijadikan souvenir untuk para peserta. Aku juga tidak tahu pasti sekarang apakah hal itu masih ada atau tidak karena sudah lama sekali aku tidak mengikuti hal tersebut.

3. Gaussian

Gaussian merupakan salah satu software kimia komputasi yang cukup terkenal dan komplit. Saat ini gaussian sudah mencapai versi gaussian 09. Fitur-fiturnya pun juga selalu ditambah dan dilengkapi. Gaussian bisa digunakan untuk menjalankan perhitungan di fasa gas, cair dan padat, bisa untuk simulasi (BOMD),berjalan di platform PC hingga HPC. Sayangnya Gaussian tidak terlalu user friendly (paling tidak se-user friendly HyperChem) sehingga bagi yang pertama kali menggunakannya harus membaca manualnya dan berbagai tutorial. Gaussian sendiri menuntut si pengguna juga mengerti kimia komputasi jadi tidak asal running. Kata dosenku Gaussian bisa digunakan untuk mendesain new class material from new material, maka dari itu distribusi Gaussian dibatasi. Oia, tidak semua orang boleh menggunakan Gaussian lho ada yang dilarang baik itu kampus maupun perorangan, salah satunya John A.Pople yang merupakan pengembang Gaussian yang pertama. Program Gaussian sendiri dari dua paket yang pertama GaussView yang dijual terpisah, untuk membuat input dan visualisasi hasil dan Gaussian itu sendiri yang merupakan program kimia komputasi. GaussView merupakan salah satu software yang mudah digunakan, memang sulit pada awalnya tapi jika sudah terbiasa, GaussView menjadi mudah digunakan dan lumayan powerful, cara menggambarnya tidak click and drag jadi perlu sedikit penyesuaian. GaussView juga menyertakan crystal editor di dalamnya.

4. ADF (Amsterdam Density Functional)

Aku memang belum pernah mencoba ADF, meski ADF sendiri membolehkan kita untuk mencoba versi trialnya selama 30 hari. Seperti namanya, ADF hanya menyertakan metode density functional theory dengan slater type basis set. Perhitungan DFT akan menjadi lebih cepat bila menggunakan slater type basis set daripada gaussian type basis set. Yang aku ketahui ADF juga bisa digunakan untuk perhitungan di fasa gas, cair dan padat dengan menggunakan program BAND-nya itu. Selain itu, pihak pengembang juga menyediakan program COSMO-RS untuk perhitungan fasa cair dengan dua solven sekaligus (aku pernah melihat temanku menggunakannya) sehingga kita bisa menentukan koefisien ekstraksi dari sini.

5. VASP

Aku juga belum pernah menggunakan VASP karena di kampus dulu memang tidak ada program ini. Program ini banyak digunakan untuk simulasi padatan menggunakan DFT dengan vanderbilt ultrasoft pseudopotential. Rata-rata publikasi yang pernah kubaca menggunakan VASP.

6. NBO

NBO merupakan program yang digunakan untuk analisis orbital natural. Saat ini NBO sudah mencapai versi 5.9. Selain bisa diinstall sebagai program sendiri, NBO juga bisa di-link dengan program lain di antaranya : NWChem, GAMESS-US, Jaguar dll. Sementara itu di Gaussian sendiri juga sudah dimasukkan program NBO.

Mungkin cuma itu program berbayar yang kuketahui, memang sih masih banyak lagi program berbayar lainnya seperti MOPAC, Jaguar dll. Namun tidak kubahas karena aku sendiri belum pernah mencoba dan mencari-cari info tntangnya, ma’af. Oia, tulisan di atas bukan bermaksud untuk mempromosikan program-program di atas hanya saja ada beberapa keunggulan yang tidak dimiliki oleh program free, misalnya NWChem tidak bisa melakukan analisis AIM (CMIIW) dan analisis orbital natural kecuali jika sudah di-link dengan program NBO jadi bagi yang ingin membeli program bisa disesuaikan dengan kebutuhan.

Di antara program yang kusebutkan di atas rata-rata berjalan di atas sistem operasi Linux mengingat platform yang digunakan biasanya kluster komputer entah mulai yang kecil hingga ke HPC. Namun, bisa juga digunakan untuk single PC dan OS yang lain.

Pembajakan program memang sudah biasa di negeri ini, entah itu hanya untuk urusan mengetik atau browsing hingga ke hal-hal yang berbau ilmiah. Kata temanku sih jika kita membajak program kemudian hasilnya dimasukkan ke jurnal maka secara otomatis publikasi kita akan ditolak karena akan dipertanyakan apakah benar kampus atau institusi itu membayar lisensi ke pembuat program yang bersangkutan atau tidak. Jadi, kusarankan jika memang bisa membeli, belilah kalau memang butuh. Jika tidak bisa membeli, masih banyak program lain yang bisa digunakan jadi jangan tergantung pada satu vendor saja.

Cukup sekian tulisan ini, jika ada yang tahu program lainnya bisa di-share, semoga bermanfa’at!

 

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s