build Si60H60 quickly with GaussView, Avogadro and simple Linux Command

Selain C60, terdapat juga Si60. Hal ini dikarenakan hanya atom C dan Si saja yang mampu membentuk polimer homoatom (hanya saja polimer homoatom C bisa lebih besar daripada Si). Salah satu senyawa yang dibentuk hanya dari atom C adalah fullerene (C60).

Fullerene sangat menarik untuk dikaji karena sifat-sifatnya, bentuknya yang seperti bola sepak (ada heksagonal dan pentagonal) berpotensi sebagai bahan tambahan untuk lubricant. Atom Si juga bisa membentuk material seperti fullerene, Si60. Nah, sekarang bagaimana cara membuat model Si60? Untuk membuat bermacam-macam material sebenarnya cukup mudah karena ada software-software khusus yang didesain untuk membuat model nanomaterial, seperti nanotube modeler. Beberapa di antaranya ada yang gratis ada juga yang berbayar. Tapi bagaimana jika kita tidak punya software semacam itu? Jawabannya sederhana, buat saja menggunakan GaussView.

Dengan GaussView dan bantuan dari perintah di terminal serta Avogadro (kalo ingin membuat model Si60H60, opsional) kita bisa membuat model Si60 dengan cepat. Oke, to the point.

1. Buka GaussView (bisa Windows atau Linux), lalu buat model fullerene C60. Tenang saja, templatenya sudah tersedia.

Screenshot-2
2. Simpan, formatnya bebas yang penting dalam koordinat kartesian agar mudah dalam mengedit nantinya.
3. Buka terminal kalian (bagi yang membuat di Windows, pindah dulu file tadi ke Linux, sekalian bisa buat input untuk Gaussian atau yang lainnya :)).
4. Kita gunakan perintah sed untuk mengganti atom C dengan Si.

Screenshot
5. Sekarang kita sudah mendapatkan Si60🙂. Panjang ikatan dan sudut ikatan bisa teman-teman atur sendiri :p.

Oia, untuk membuat Si60H60, kita bisa menggunakan Avogadro. Simpan file Si60 tadi dalam bentuk mol. Kita tambahkan atom H dengan cara menu Build -> Add Hydrogen lalu di-clean, Extensions -> Optimize Geometry.

Screenshot-1
Yak, kita sudah dapat Si60H60. Semoga bermanfa’at!

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s