menggunakan file checkpoint Gaussian 03

Kembali lagi ke pembahasan tentang Gaussian, nah sekarang kita akan mencoba mempelajari bagaimana cara menggunakan file .chk. Mengapa pembahasan ini aku angkat? Jawabnya, bagi yang tidak tahu fungsi file .chk bisa jadi malah akan menghapus file tersebut, apalagi jika hard disk sudah mulai penuh heheūüėõ.

Setiap kali akan running Gaussian job, kita dapat memilih apakah akan menyimpan file .chk (%chk=nama_file.chk) atau tidak (%chk=nosave). Bahkan bila %chk tidak ditulis di file input, maka Gaussian akan membuat file %chk di folder scratch. Bila kita mengulang sebuah job atau running job baru tetapi lupa tidak mengganti nama file .chk dengan nama file yang baru, maka file .chk yang lama tadi akan dioverwrite oleh job baru tadi. Oleh karena itu, mem-back up file .chk sangat perlu dan penting.

File .chk kebanyakan digunakan untuk me-restart sebuah perhitungan (restart akan mengambil data-datasebelum job mati yang tersimpan di file .chk sehingga bila file .chk hilang secara otomatis tidak bisa di-restart menggunakan opsi restart. Begitu juga bila data-data seperti koordinat atom belum ditulis di file .chk, maka perhitungan juga tidak dapat di-restart), menghasilkan gambaran orbital, kerapatan elektron dan membaca data basis set yang tersimpan dalam file .chk. Berikut adalah perintah untuk membaca data dari file .chk

1. chkbasis -> membaca file basis set dari file .chk.

2. scf=restart    -> me-restart perhitungan SCF dari file .chk. Biasanya ketika job tiba-tiba mati, misalnya karena mati listrik.

3. scan=restart   -> me-restart scan PES (Potential Energy Surface).

4. irc=restart    -> me-restart perhitungan IRC.

5. freq=restart   -> me-restart perhitungan frekuensi. Frekuensi analitik tidak dapat di-restart di Gaussian 03, tetapi bisa di-restart di Gaussian 09.

6. polar=restart -> me-restart perhitungan polarisabilitas numerik.

7. CIS=restart    -> me-restart perhitungan CIS (COnfiguration Interaction РSingle excitation)

8. opt=restart    -> me-restart geometri optimasi.

9. Geom=checkpoint -> membaca geometri molekular dari file .chk.

10. Geom=Allcheckpoint -> membaca geometri molekular, muatan, spin multiplicity dan judul perhitungan dari file .chk, biasanya dilakukan untuk memulai perhitungan kedua pada level teori yang berbeda.

11. guess=read    -> membaca initial guess dari file .chk. Jika basiss set yang digunakan berbeda dengan basis set yang ada di file .chk, maka fungsi gelombang akan diproyeksikan dari satu basis set ke yang lain. Ini adalah sebuah cara yang efisien untuk berpindah dari satu basis set ke yang lain.

12. Density=checkpoint -> membaca densitas dari file .chk. Hal ini secara tidak langsung sama dengan guess=only sehingga tidak ada perhitungan integral atau SCF. Ini digunakan untuk menghitung analisis populasi atau untuk membuat file .cube dari sebuah fungsi gelombang tanpa harus me-running ulang sebuah job.

13. field=checkpoint -> membaca 34 komponen multipole dari sebuah field terbatas dari file .chk

14. field=check    -> membaca 3 komponen field elektrik dipol dari file .chk.

15. charge=check -> membaca point charge dari file .chk.

16. rearchive -> digunakan untuk menghasilkan arsip dari informasi dalam file .chk. Tidak ada perhitugan yang dilakukan.

Nah, sekarang kita akan masuk Gaussian 03 utilities untuk meng-handling file .chk. Oia, dalam menggunakan perintah-perintah di bawah ini pastikan kalian berada di direktori file .chk yang akan diutak-atik dan tak lupa ini semua dilakukan di Linux/UNIX.

1. c8603 -> digunakan untuk mengkonvert file .chk dari Gaussian 86 melewati Gaussian 98 ke Gaussian 03. Misalnya, kita akan mengkonvert file taxol.chk Gaussian 86 di folder scratch Gaussian.
$ c8603 $GAUSS_SCRDIR/taxol.chk

2.chkchk -> digunakan untuk membaca route section dan informasi yang penting dalam file .chk. Mungkin saja kita lupa file ini job apaūüėõ.
$ chkchk air-molar.chk
Checkpoint file air-molar.chk:
Title:¬† Input file generated by gabedit…
Route:  #P B3LYP/6-311G GEOM=CONNECTIVITY VOLUME=TIGHT SCF=(TIGHT,DIRE
CT)
Atomic coordinates present.
Z-matrix present with variables.
AO basis is present.
MO coefficients present.
bisa juga digunakan opsi -p untuk menampilkan informasi tambahan.

3. formchk -> digunakan untuk mengkonversi file .chk ke bentuk yang bisa dibaca. Hal ini berguna sebagai input untuk berbagai macam software visualisasi, misalnya kita ingin menampilkan orbital menggunakan ChemCraft, maka kita membuka file .chk yang telah di-konvert tadi menggunakan ChemCraft. Selain itu, hal ini juga berguna ketika kita berpindah dari satu platform komputer ke platform lain. File.chk di platform pertama dikonvert dulu baru kemudian dikembalikan lagi ke file .chk di platform yang baru. Opsi yang ada di formchk ada dua, -c (menampilan atom mekanika molekular sebagai string daripada integer) dan -2 (membuat array logika dan data mekanika molekular. Ini seharusnya selalu digunakan ketika menggunakan dua jenis komputer yang berbeda).
$ formchk air-molar.chk air-molar.fchk

4.freqchk -> menampilkan data termokimia dan frekuensi dari file .chk.
$ freqchk
Checkpoint file? air-freq2.chk
Write Hyperchem files? n
Temperature (K)? [0=>298.15] 0
Pressure (Atm)? [0=>1 atm] 0
Scale factor for frequencies during thermochemistry? [0=>1/1.12] 0
Do you want to use the principal isotope masses? [Y]:
———————————————————————
Center     Atomic                         Coordinates (Angstroms)
Number     Number                        X           Y           Z
———————————————————————
1          8                     -0.110530    0.007813    0.018921
2          1                      0.447050    0.709910   -0.352914
3          1                      0.437188   -0.772413    0.201543
———————————————————————
Atom  1 has atomic number  8 and mass  15.99491
Atom  2 has atomic number  1 and mass   1.00783
Atom  3 has atomic number  1 and mass   1.00783
Full mass-weighted force constant matrix:
Low frequencies —¬† -71.1736¬† -41.6615¬† -36.5728¬†¬†¬† 0.0012¬†¬†¬† 0.0013¬†¬†¬† 0.0018
Low frequencies — 1611.7609 3646.4561 3804.9131
Diagonal vibrational polarizability:
0.8698046       0.0219585       0.0279543
Harmonic frequencies (cm**-1), IR intensities (KM/Mole), Raman scattering
activities (A**4/AMU), depolarization ratios for plane and unpolarized
incident light, reduced masses (AMU), force constants (mDyne/A),
and normal coordinates:
1                      2                      3
A1                     A1                     B2
Frequencies —¬† 1611.7609¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬† 3646.4561¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬† 3804.9130
Red. masses —¬†¬†¬†¬† 1.0924¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬† 1.0363¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬† 1.0865
Frc consts¬† —¬†¬†¬†¬† 1.6720¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬† 8.1184¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬† 9.2677
IR Inten¬†¬†¬† —¬†¬†¬† 85.3786¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬† 7.4975¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬†¬† 10.8011
Atom AN      X      Y      Z        X      Y      Z        X      Y      Z
1   8     0.07  -0.01  -0.01    -0.04   0.00   0.01     0.00   0.07  -0.03
2   1    -0.58   0.39  -0.03     0.34   0.55  -0.27    -0.41  -0.51   0.27
3   1    -0.59  -0.31   0.23     0.34  -0.60   0.16     0.40  -0.57   0.13

——————-
– Thermochemistry –
——————-
Temperature   298.150 Kelvin.  Pressure   1.00000 Atm.
Thermochemistry will use frequencies scaled by 0.8929.
Molecular mass:    18.01056 amu.
Principal axes and moments of inertia in atomic units:
1         2         3
EIGENVALUES —¬†¬†¬†¬† 2.01936¬†¬† 4.50740¬†¬† 6.52676
X            0.00623   0.98328   0.18200
Y            0.93660  -0.06950   0.34343
Z           -0.35033  -0.16833   0.92138
This molecule is an asymmetric top.
Rotational symmetry number  2.
Rotational temperatures (Kelvin)     42.89171    19.21593    13.27057
Rotational constants (GHZ):         893.71916   400.39544   276.51421
Zero-point vibrational energy      48401.4 (Joules/Mol)
11.56821 (Kcal/Mol)
Vibrational temperatures:   2070.50  4684.31  4887.87
(Kelvin)

Zero-point correction=                           0.018435 (Hartree/Particle)
Thermal correction to Energy=                    0.021274
Thermal correction to Enthalpy=                  0.022218
Thermal correction to Gibbs Free Energy=         0.000786
E (Thermal)             CV                S
KCal/Mol        Cal/Mol-Kelvin    Cal/Mol-Kelvin
Total                   13.350              6.054             45.107
Electronic               0.000              0.000              0.000
Translational            0.889              2.981             34.608
Rotational               0.889              2.981             10.484
Vibrational             11.572              0.093              0.015
Q            Log10(Q)             Ln(Q)
Total Bot       0.434864D+00         -0.361647         -0.832722
Total V=0       0.131190D+09          8.117900         18.692156
Vib (Bot)       0.331797D-08         -8.479128        -19.523913
Vib (V=0)       0.100097D+01          0.000419          0.000965
Electronic      0.100000D+01          0.000000          0.000000
Translational   0.300432D+07          6.477746         14.915562
Rotational      0.436250D+02          1.639735          3.775629

Parameter yang dimasukkan silakan disesuaikan dengan kebutuhan teman-temanūüėÄ.

5.unfchk -> mengembalikan file .fchk menjadi file .chk kembali.

$ unfchk
Formatted Checkpoint file? air-molar.fchk
Read formatted file air-molar.fchk
Write checkpoint file air-molar.chk

Oke, sekian dulu pembahasan tentang file .chk, semoga bermanfaat!ūüėÄ

# Manual Gaussian 03

One thought on “menggunakan file checkpoint Gaussian 03

  1. Pingback: pra optimasi bagian 1 « neax502 simple blog

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s