bsse in NWChem

Assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh..

Pada tulisan ini kita akan kembali membahas tentang bagaimana menghitung BSSE, tapi bukan di Gaussian (www.gaussian.com), melainkan di NWChem. NwChem menghitung bsse ketika dua fragmen atau lebih saling berinteraksi menggunakan metode counterpoise (sama seperti di Gaussian). Perhitungan bsse dilakukan ketika ada section untuk melakukan perhitungan bsse. Energi single point, geometri optimasi, gradien energi, hessian dan frekuensi dapat diperoleh dengan koreksibsse. Input untuk koreksi bsse adalah sebagai berikut :


BSSE
MON <string monomer name> <integer natoms>
[INPUT [<string input>]]
[INPUT_WGHOST[<string input>]]
[CHARGE [<real charge>]]
[OFF]
[ON]
END

MON -> nama monomer dan atom-atomnya; <string monomer name> -> nama monomer; <integer natoms> -> list atom dari masing-masing monomer. Dengan tag INPUT user dapat memodifikasi apapun modifikasi attribut untuk masing-masing monomer tanpa ghost. Sebagai contoh, grid untuk perhitungan DFT dapat diubah. INPUT_WGHOST sama seperti INPUT tetapi untuk monomer dengan ghost. Perubahan input akan diterapkan di dalam ini dan perhitungan yang berikutnya. Kamu harus hati-hati mengembalikan perubahan untuk monomer berikutnya. CHARGE berkaitan dengan muatan monomer dan harus konsisten dengan muatan total sistem.

Evaluasi energi melibatkan 1+2N, satu untuk supra molekul dan dua untuk N monomer. NWChem tidak secara otomatis menandai basis set untuk ghost atom, jadi kita harus menuliskan basis set untuk bqX masing-masing elemen secara manual.

Sekarang kita masuk ke contoh, pertama dimer air, kedua Zn2+ dengan satu molekul air.
contoh pertama :
scratch_dir /scr
Title “dimer-air”

Start  dimer-air

echo

charge 0

geometry autosym units angstrom
O     -0.361127     -0.255701     -0.521434
H     -0.888261     -0.213677     0.315667
H     0.479397     -0.710967     -0.262969
O     1.52429     1.11707     2.06731
H     2.06003     1.10875     1.23448
H     0.689731     1.58944     1.82102
end

ecce_print /home/niko/test/mp2/dimer-air/ecce.out

basis “ao basis” cartesian print
H library “3-21G”
O library “3-21G”
bqO library O “3-21G”
bqH library H “3-21G”
END

bsse
mon satu 1 2 3
mon dua 4 5 6
end

scf
RHF
semidirect filesize 64000000
nopen 0
level pcg 20 0.5 0
end

driver
default
maxiter 100
end

task scf optimize

hasilnya :
—————————————————————————-
scf BSSE ENERGY GRADIENTS

atom               coordinates                        gradient
x          y          z           x          y          z
1 O       0.144095  -3.218424   0.425061   -0.000003  -0.000001   0.000004
2 H      -1.147917  -3.531832   1.675843    0.000005  -0.000001  -0.000001
3 H       0.162599  -1.409318   0.087883   -0.000001   0.000002  -0.000003
4 O       0.075168   2.120858  -0.452802    0.000004   0.000006   0.000004
5 H       1.369398   3.236134   0.189298   -0.000003  -0.000007   0.000001
6 H      -0.618437   2.856716  -1.972225   -0.000001   0.000001  -0.000005

BSSE error =       0.006347727177
Supermolecular energy =    -151.188731421166
Corrected energy =    -151.182383693989

Step       Energy      Delta E   Gmax     Grms     Xrms     Xmax   Walltime
—- —————- ——– ——– ——– ——– ——– ——–
@   23    -151.18238369  2.5D-07  0.00001  0.00000  0.00003  0.00005    113.5
ok       ok       ok       ok
——————————————————————————
contoh kedua :
scratch_dir /scr

title znwater
start znwater
echo
geometry noautoz units angstrom
symmetry c1
Zn -1.89334 -0.72741 -0.00000
O -0.20798 0.25012 0.00000
H -0.14200 1.24982 -0.00000
H 0.69236 -0.18874 -0.00000
end
basis “ao basis”
O library 6-31G
Zn library 6-31G
H library 6-31G
bqO library O 6-31G
bqZn library Zn 6-31G
bqH library H 6-31G
end
charge 2
scf; direct; end
mp2; end
bsse
mon metal 1
charge 2
input_wghost “scf\; maxiter 200\; end”
mon water 2 3 4
end
task mp2 optimize

Oke cukup sekian dulu dan semoga bermanfa’at!
# http://www.nwchem-sw.org/index.php/Top-level

3 thoughts on “bsse in NWChem

  1. Pingback: Counterpoise with different charges and multiplicites gaussian 03 « neax502 simple blog

  2. Pingback: bsse in GAMESS « neax502 simple blog

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s