GaussView dasar part 1

Assalamu’alaikum semuanyaa..

Ketemu lagi setelah sekian lama masuk angin alias gak nulis😛. Beberapa bulan belakangan banyak yang masuk ke lab. kimia komputasi, beberapa di antaranya mengalami masalah yang sama yaitu kesulitan menggunakan Gaussian dan menggambar di GaussView. Nah, pada kesempatan ini kita akan mencoba membahas bagaimana sih membuat struktur di GaussView.

Sebenarnya ada beberapa cara yang dapat digunakan untuk membuat gambar struktur di GaussView antara lain :
1. Menggambar dulu di software lain seperti HyperChem kemudian disimpan sebagai pdb dan dibuka dengan GaussView. Cara ini memang cepat dan sering dipraktekan oleh dosen dan asisten praktikum. Intinya adalah meng-impor struktur ke GaussView.

2. Memasukkan koordinat atom. Jika kita tahu koordinat atom dari struktur yang akan digambar, maka cara ini menjadi sangat simple dan cepat.

3. Menggambar langsung di GaussView. Memang sih, builder GaussView agak berbeda dengan HyperChem karena tidak benar-benar seperti “menggambar”, tapi di satu sisi justru menjadi efisien juga lho karena beberapa template molekul telah tersedia, seperti benzena, sikloheksana perahu, kursi dll. tinggal klik aja😀.

Oke kita mulai dari langkah 3 dan 2, langkah 1 kita lewati saja hehe😀. Pertama-tama kita akan menggambar dibenzalaseton. Untuk semua gugus yang ada tinggal dimasukkan saja mulai dari benzena, vinyl, formyl dan kemudian diatur sudut dihedralnya. Oia, tanda hijau pada atom di setiap gugus yang akan dimasukkan menandakan bahwa atom itu yang akan diikatkan dengan struktur yang telah ada. Setelah selesai semua tinggal di-clean.


Kemudian dengan memasukkan koordinat atom bisa menggunakan PBC atau memasukkan langsung melalui Atom list.

 


Sekian dulu saja, untuk lebih lanjut bisa teman-teman eksplor sendiri🙂. Semoga bermanfaat!

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s