visualize orbital to contour plot and surface density

Assalamu’alaikum warahmatullahi wabaratuh..

Ketemu lagi nih, mumpung lagi ada semangat buat ngeblog😀. Nah, pada kesempatan kali ini kita akan membahas bagaimana membuat contour plot dan menampilkan surface density dari perhitungan Gaussian 03. Untuk menampilkan contour plot dan surface density dapat menggunakan ChemCraft dan GaussView. Di sini kita akan mencoba menampilkan contour dengan dua software tersebut.

Pertama-tama kita buat dulu input, misalkan metana saja.

%chk=ch4
%mem=50mb
#p opt freq=noraman hf/3-21g pop=full geom=connectivity

Title Card Required

0 1
C
H                  1              B1
H                  1              B2    2              A1
H                  1              B3    3              A2    2              D1
H                  1              B4    3              A3    2              D2

B1             1.07000000
B2             1.07000000
B3             1.07000000
B4             1.07000000
A1           109.47120255
A2           109.47125080
A3           109.47121829
D1          -119.99998525
D2           120.00000060

1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 5 1.0
2
3
4
5

kemudian optimasi seperti biasa. File .chk hasil perhitungan kita copy dulu untuk jaga-jaga kalau nanti ada apa-apa.

$ cp ch4.chk ch4.chk.bak
kemudian kita format file .chk tersebut menggunakan formchk. Formchk merupakan utility bawaan Gaussian untuk mengubah file binary. chk menjadi file ASCII yang dapat digunakan untuk program visualisasi atau memindahkan checkpoint antara sistem komputer yang berbeda, misalnya dari Linux ke Windows dan sebaliknya. Di sini saya menggunakan Gaussian Linux, sehingga format file .chk dilakukan lewat terminal. Jika menggunakan Gaussian Windows, menu utility -> Formchk

$ formchk ch4.chk
maka akan muncul file .fchk yang bisa kita buka menggunakan ChemCraft. Kemudian kita bisa memilih manakah yang akan divisualkan dan menyimpannya ke file .cube. Di sini saya memilih semua orbital untuk divisualkan dan mencoba untuk memvisualkan HOMO dari metana.

 


Sekarang kita coba memvisualkan orbital dari metana menggunakan GaussView Windows. Pertama-tama kita ubah dulu .fchk menjadi .chk. Kemudian buka file .log tadi lalu pilih menu edit -> MOs. Pilih New MOs dan load .chk-nya. Masuk ke visualize dan pilih orbital mana yang ingin divisualkan. Gambar visualisasi ini juga bisa di-export menjadi file .jpeg, .png dll. juga🙂.


Cara lainnya adalah dengan membuka file .chk, pilih menu Results -> Surface/Contours. Pertama-tama kita buat file cube-nya dulu baru surface atau contour 2D. Di sini saya menggunakan contour 2D untuk menggambarkan orbital HOMO dari metana.


Nah, sekarang kita masuk ke contoh yang sederhana. Di sini kita akan menggambarkan bagaimana kerapatan spin dari radikal 1-butena. Karena ada 4 kemungkinan terbentuknya radikal, saya langsung menggunakan radikal pada C-3 saja. Radikal ini kita optimasi menggunakan semi empiris PM3.


Hasil dari kerapatan spin menunjukkan bahwa dalam radikal ini dapat terbentuk isomer karena kerapatan spin elektron pada atom C terdapat dua bagian, atas dan bawah. Selain itu, elektron tersebar sehingga radikal ini distabilkan oleh resonansi.


Oke, cukup sekian bahasan tentang contour plot. Semoga bermanfa’at!

# Sebenarnya agak telat juga karena setelah lulus baru bisa membuat contour😦

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s