Intro to GAMESS Input

Semalam setelah membaca-baca kembali file-file yang ada di komputer, jadi ingat tentang GAMESS. Waktu itu kita telah belajar bagaimana menginstall GAMESS dan running dengan GAMESS, tapi masih belum tahu lebih jauh tentang bagaimana sih input file buat GAMESS. Hmm, jika diperhatikan lebih seksama ternyata struktur dari input GAMESS jauh lebih rumit dari pada GAUSSIAN, kalo tak percaya baca saja manual GAMESS :p.

Berbeda dengan GAUSSIAN, input dalam GAMESS ditandai dengan $, bersifat modular dan diatur dengan grup $ . Beberapa grup $ yang penting antara lain $SYSTEM, $CONTRL, $BASIS, $DATA. Maksudnya adalah
$SYSTEM : memspesifikasi memori, time limit.
$CONTRL : basic kalkulasi.
$BASIS : memspesifikasi basis set.
$DATA : koordinat atom, basis set yang tidak standar.
Input GAMESS bisa ditulis menggunakan huruf kapital atau huruf kecil. Semua group di awali dengan $ dalam kolom 2, artinya kolom 2 atau yang lainnya tidak akan dideteksi dan kemudian diikuti nama dari grup tersebut. Oia, grup juga diakhiri dengan $END. Selain grup-grup di atas ada juga beberapa group yang penting antara lain : $GUESS, $SCF, $VEC, $HESS, $IRC, $VIB.
Nah, sekarang kita masuk lebih jauh lagi ke dalam group-group tadi.

$SYSTEM :
TIMLIM=(default=600min)
MWORDS=(default=1)
MEMDDI=
hanya relevan ketika kita menggunakan paralel komputer dan total memori yang diperlukan dibagi dengan jumlah prosesor untuk mendapatkan memori per node.
$CONTRL :
ICHARGE= muatan dari sistem
MULT= spin multiplicity (1 untuk singlet, 2 untuk doublet dst)
EXETYP=check (untuk mengecek apakah ada eror di input)/run (actual running)
UNITS= angs(default)/dalam bohr
RUNTYP= kita mau running apa
energy (running single point)
gradient (turunan pertama dari energi )
optimize (geometri optimasi)
Hessian (turunan kedua dari energi, frekuensi vibrasi, sifat-sifat termodinamis)
sadpoint (mencari sadle point: perlu hessian di group $HESS)
irc (melakukan perhitungan IRC:perlu group $IRC dan $HESS)

$CONTRL :
scftyp= jenis fungsi gelombang yang akan kita gunakan (RHF, UHF, ROHF, MCSCF, GVB)
mplevl= level teori pertubasi (default=0)/2 untuk MP2: valid untuk RHF, ROHF, MCSCF GVB)
cctyp= mau pakai couple cluster?
default=none
ccsd (single+double)
ccsd(T) = menambahkan triple pertubasi ke ccsd
cr-ccl = metode spesial untuk bond breaking
eom-ccsd, cr-eom = excited state persamaan vi dari gerakan di cc
$BASIS:
inilah yang berbeda dengan GAUSSIAN, penamaan dari basis set yang digunakan
gbasis= sto, n21, n31, tzv..
ngauss= jumlah fungsi gaussian untuk sto,n21, n31.
Ndfunc= jumlah fungsi orbital d untuk atom-atom berat
npfunc= jumlah fungsi orbital p untuk hidrogen
nffunc= jumlah fungsi orbital f untuk logam transisi
diffsp=.T. (maksudnya TRUE, fungsi difusi sp untuk atom berat)
diffs=.T. Fungsi difusi s untuk hidrogen
gbasis=ccn (corelation consisten, di mana n=2,3,4,5,6)
gbasis=accn (augmented cc-pvxz)
gbasis=ccnc (core corelation)
gbasis=acnc (augmented core corelation)
gbasis= MC-dzp, mc-tzp, mc-qzp

$DATA :
di sini akan ditulis tentang simetri dari sistem, koordinat dll. Pengetahuan tentang simetri dari sistem akan diperlukan di sini.
Title line (akan ditampilkan di output)
symmetry group (C1, C2, CNV 2 [C2V]..)
symbol Z x, y, z ( symbol Z= nomor atom: x,y,z koordinat kartesian:bisa juga ditulis dalam koordinat internal). Langkah ini diulangi untuk setiap simetri unik dari atom. Perlu juga mem-spesifikasi basis set setelah line ini, jika $BASIS tidak ada.

Dari sekian banyak ini, masih ada lagi $GUESS, tapi biasanya defaultnya saja sudah bisa bekerja dalam banyak kasus. Wow, rumit juga ya. Nah, sama seperti GAUSSIAN, input ini bisa dibuat dengan berbagai macam cara entah mau diketik pakai teks editor, atau menggunakan yang lainnya. Meski demikian, menurutku yang paling mudah adalah menggunakan Gabedit untuk membuat input ini karena memang input GAMESS agak kompleks.

Sekian dulu tentang input GAMESS, di tulisan selanjutnya kita bahas lagi dengan contohnya biar lebih mudheng hehe🙂
to be continue…
semoga bermanfa”at!
#diambil dari GAMESS intro di webnya GAMESS

One thought on “Intro to GAMESS Input

  1. Pingback: file format in computational chemistry « neax502 simple blog

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s