Install GAUSSIAN 03 Under Linux

Sebenarnya sejak masuk ke lab komputasi dan bergelut dengan GAUSSIAN baik 98 maupun yang 03 saya penasaran mengapa setiap user bisa langsung menggunakan GAUSSIAN dan file-file scratchnya kok bisa langsung berada di folder /scratch. Penasaran ini masih terus terbawa sampai akhirnya saya melihat dosen saya menginstall GAUSSIAN. Kebetulan juga waktu itu ada teman yang baru saja masuk ke lab komputasi jadi oleh dosen saya diinstallkan GAUSSIAN 98. GAUSSIAN ADALAH SOFTWARE YANG HARUS DIBELI DARI gaussian, inc. saya sama sekali tidak menyarankan untuk membajak GAUSSIAN, jika tidak mampu membeli GAUSSIAN, gunakan saja software kimia komputasi yang bersifat free, bebas didistribusikan. GAUSSIAN yang digunakan di sini telah berbentuk file binary dan dipaket dalam bentuk tar.gz. Oke lah, tanpa basa basi lagi kita langsung coba.


Pertama-tama login lah dulu sebagai root atau bisa menggunakan perintah sudo.

$ su
Password:
#
kemudian pindahkan atau copy file tar.gz GAUSSIAN ke /usr/local dan kemudian ekstrak.

# cp g03.tar.gz /usr/local/
# cd /usr/local/
# tar zxfv g03.tar.gz
kemudian pindah ke /etc/profile.d
# cd /etc/profile.d/

Di sini kita akan membuat script untuk mengatur folder scratch GAUSSIAN dan agar GAUSSIAN bisa digunakan semua user di komputer kita.
Pertama-tama buat folder scratch dulu. Sebenarnya folder ini bisa di mana saja, bisa di bawah / atau di /home/user. Namun ada baiknya menempatkan folder scratch di partisi dengan kapasitas yang besar karena semakin kompleks perhitungan yang kita lakukan GAUSSIAN akan semakin membutuhkan space yang besar untuk meletakkan file-file rwf-nya. Setelah folder dibuat kemudian masuk ke /etc/profile.d dan buat 2 buah script g03.sh dan g03.csh, jika menginstall GAUSSIAN versi lain, tinggal sesuaikan saja nama scriptnya. Untuk g03.sh isinya seperti ini :
#! /bin/sh
export g03root=/usr/local
$g03root/g03/bsd/g03.profile
export GAUSS_SCRDIR=/home/$USER/scratch;
GAUSS_LFLAGS=’nodelist “linux-218f”‘
export GAUSS_LFLAGS
lalu untuk g03.csh
#! /bin/csh
setenv g03root /usr/local
source $g03root/g03/bsd/g03.login
setenv GAUSS_SCRDIR /home/$USER/scratch
setenv GAUSS_LFLAGS ‘-nodelist “linux-2i8f”‘
dua buah script ini saya ambil dari komputer teman, di mana hostnamenya linux-2i8f dan tampaknya diparalel dengan komputer lain. Setelah script ini dibuat kita perlu sedikit mengedit g03.profile dan g03.login agar sinkron dengan script yang telah kita buat tadi. Kedua file tersebut ada di folder bsd milik GAUSSIAN.
gr=$HOME
if [ “$g03root” ]
then gr=$g03root
fi
ubah folder utama GAUSSIAN dari $HOME ke /usr/local kemudian di-save. Di script g03.login juga dilakukan hal yang sama, ubah $HOME menjadi /usr/local
if ($?g03root) then
set gr=”$g03root”
else
set gr=”$HOME”
endif
Dari beberapa halaman web yang saya temui, memang terdapat beberapa cara untuk menginstall GAUSSIAN, salah satunya ada yang menyarankan jika telah terinstal adalah dengan mengetesnya dengan cara masuk ke folder g03 kemudian ./g03. Nah, jika ada pesan error semacam : error while loading shared libraries: util.so: cannot open shared object file: No such file or directory, copy util.so dan libpgc.so ke /usr/lib. Ada juga pesan eror yang menandakan bahwa file-file eksekusi GAUSSIAN tidak dikenal, maka tinggal ubah attribut semua file *.exe di folder g03 dengan cara
# chmod a+rx *.exe
Kira-kira kurang lebih begitu cara dosen saya memasang GAUSSIAN. Di web resmi GAUSSIAN, gaussian.com, terdapat system yang diperlukan untuk setiap masing-masing platform komputer begitu juga dengan library-library yang dibutuhkan, tapi ada baiknya juga jika di OS yang akan dipasang GAUSSIAN juga diinstal math library, entah BLAS, ATLAS, MKL, ACML dll. Untuk GAUSSIAN yang digunakan secara paralel dengan komputer lain, sampai saat ini saya masih belum tahu cara instalasinya, apakah sama ataukah berbeda. Jika folder scratch tidak diatur, maka secara otomatis GAUSSIAN akan membuat file-file rwf di folder tempat kita running.
# ditulis ketika melihat Pak Ria menginstallkan GAUSSIAN di komputernya Mas Noval dan Mbak Ica
# script GAUSSIAN diambil dari komputernya Mbak Ica dengan sedikit tambahan
# penanganan error diambil dari kasmui.blog.com

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s