Introduction using GAMESS

Setelah berhari-hari libur menulis kali ini kita lanjutkan tentang GAMESS-nya. Kemarin kita menginstall GAMESS under linux sekarang saatnya kita belajar menggunakan GAMESS. Agar kita dapat mengeksekusi GAMESS ada beberapa cara antara lain dengan membuat alias pada file .login atau membuat link file eksekusi GAMESS ke /usr/bin. Saya lebih suka menggunakan cara kedua karena lebih mudah. Selain itu dengan cara ini setiap user di komputer bisa langsung menggunakan GAMESS tanpa harus membuat .login untuk masing-masing user

Untuk visualisasi GAMESS dapat menggunakan wxMacMolPlt, avogadro dll. Karena di rumah tidak ada koneksi internet maka untuk menginstall wxMacMolPlt saya mendownload langsung dari Slackbuild.org. Selain wxMacMolPlt, saya juga mendownload WxGTK. Cara instalasi file ini sama dengan cara instalasi ATLAS yang telah dijelaskan pada bagian sebelumnya.

  Program ini berfungsi untuk memvisualisasikan output dari GAMESS dan untuk membuat input dari GAMESS dapat menggunakan gabedit under linux. Berbeda dengan keluarga GAUSSIAN yang menggunakan file .com atau .gjf sebagai ekstensi untuk input, GAMESS menggunakan .inp sebagai ekstensi. Bila kita cermati syntax yang ada di dalam file input ini pun berbeda, tapi secara umum bagian-bagiannya sama dengan apa yang ada diinput GAUSSIAN.
root@darkstar:/home/neax_jst# ln -s /home/neax_jst/tmp/gamess/rungms /usr/bin/gms
GAMESS dapat dipanggil dengan mengetikkan “gms” pada konsole
neax_jst@darkstar:~$ gms
—– GAMESS execution script —–
This job is running on host darkstar
under operating system Linux at Tue Apr 26 19:33:58 WIT 2011
Available scratch disk space (Kbyte units) at beginning of the job is
Filesystem 1K-blocks Used Available Use% Mounted on
/dev/sda8 9906612 1685932 7717448 18% /home
Input file .inp does not exist.
This job expected the input file to be in directory /home/neax_jst
Please fix your file name problem, and resubmit.

Dalam tulisan ini tidak akan membahas secara mendalam bagaimana running dengan GAMESS, tapi hanya bertujuan untuk mengenalkan GAMESS saja. Tentu saja, butuh waktu agar kita bisa mendalami GAMESS.

Input untuk GAMESS dapat dibuat dengan berbagai macam cara antara lain menggunakan Gabedit under linux dan juga Avogadro. Pertama-tama mari kita mulai dengan Gabedit dulu. Software ini dapat di download secara gratis dan terdapat berbagai macam versi, baik itu untuk Linux maupun Windows.

Ekstrak terlebih dahulu Gabedit dengan perintah
neax_jst@darkstar:~$ gunzip Gabedit220LinuxI386Glibc23.gz
kemudian panggil Gabedit lewat konsole
neax_jst@darkstar:~$ ./Gabedit220LinuxI386Glibc23
setelah muncul window Gabedit, pilih menu Geometry lalu Draw untuk menggambar struktur molekul, misal air. Setelah menggambar kemudian klik kanan save as sebagai xyz format.

Oia, jika kita telah memiliki struktur tertentu tinggal dibuka saja dengan Gabedit tanpa harus menggambar lagi.
Jika molekul tadi telah di save sekarang pilih file new lalu GAMESS input, maka akan muncul lagi window untuk membuat file input GAMESS, nah sekarang tinggal kebutuhan saja ingin melakukan perhitungan apa. Jika telah memilih parameter-parameter untuk running, klik Ok dan sekarang kita akan disuguhi dengan bentuk input dari GAMESS


! ================================================================
! This file was generated by Gabedit
! ================================================================
$CONTRL RUNTYP=Optimize $END ! jenis perhitungan
$CONTRL SCFTYP=RHF $END ! metode HF yang digunakan
$CONTRL ICHARG=0 MULT=1 $END ! muatan dan spin multiplicity
$BASIS GBASIS=STO NGAUSS=3 $END ! basis set
$DATA
Molecule specification
C1 ! simetri molekul
H 1.000000 0.607686 1.353356 0.052157 ! koordinat atom
O 8.000000 0.127368 0.277895 0.000000
H 1.000000 0.515582 -0.280220 -0.963244
$END

Save file ini dan akan ada file air.inp, file inilah yang akan kita running dengan GAMESS.
neax_jst@darkstar:~$ gms air.inp >& air.log
GAMESS akan berjalan selama beberapa saat. Jika GAMESS telah berhenti bekerja cek pada file log apakah ada pesan error
neax_jst@darkstar:~$ tail -n 20 air.log
TOTAL WALL CLOCK TIME= 0.8 SECONDS, CPU UTILIZATION IS 25.64%
580000 WORDS OF DYNAMIC MEMORY USED
EXECUTION OF GAMESS TERMINATED NORMALLY Thu Apr 28 21:23:12 2011
DDI: 263224 bytes (0.3 MB / 0 MWords) used by master data server.

—————————————-
CPU timing information for all processes
========================================
0: 0.153 + 0.52 = 0.206
—————————————-
ddikick.x: exited gracefully.
unset echo
—– accounting info —–
Files used on the master node darkstar were:
-rw-r–r– 1 neax_jst plugdev 448 2011-04-28 21:23 /home/neax_jst/scr/air.F05
-rw-r–r– 1 neax_jst plugdev 180012 2011-04-28 21:23 /home/neax_jst/scr/air.F08
-rw-r–r– 1 neax_jst plugdev 1079760 2011-04-28 21:23 /home/neax_jst/scr/air.F10
-rw-r–r– 1 neax_jst plugdev 16867 2011-04-28 21:23 /home/neax_jst/scr/air.dat
Thu Apr 28 21:23:15 WIT 2011
0.207u 0.060s 0:04.32 6.0% 0+0k 72+24io 1pf+0w
jika tidak ada sekarang saatnya melihat hasil perhitungan GAMESS menggunakan Gabedit, wxMacMolPlt atau Avogadro

kalau menggunakan wxMacMolPlt

kalau menggunakan Avogadro


Demikianlah uraian singkat tentang cara menggunakan GAMESS, saya tahu ini masih sangat awal sekali dan jika di lain hari ada kesempatan akan saya bahas lagi tentang GAMESS
semoga bermanfa’at
😀

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s