Seputar input gaussian 98/03

Ini adalah salah satu contoh file input gaussian, tampaknya sulit membuat file ini, tapi ternyata mudah saja kok🙂. oke kita bahas satu per satu ya. Tapi tentu saja bahasan ini tidak komplit, karena saya sendiri juga masih belajar😀.

———————————————————-
%chk=air-sp-hf-tight.chk
%mem=6MW
%nproc=1
# sp hf/6-31g geom=connectivity scf=tight

air hf/6-31g sp tight

0 1
O
H 1 B1
H 1 B2 2 A1

B1 0.96000000
B2 0.96000000
A1 109.47122063

1 2 1.0 3 1.0
2
3
=============================================
%chk=air-sp-hf-tight.chk
%mem=6MW
%nproc=1

================================================
bagian ini namanya link-0 command. Isinya adalah di manakah file chk akan disimpan, berapa besar memori dan berapa banyak prosesor yang akan digunakan. Sebenarnya masih ada bagian lain antara lain:
%rwf=/home/user/scratch/rwf1.rwf ==> bagian ini untuk menspesifikasi file rwf gaussian. Biasanya akan secara otomatis dibuat di folder scratch gaussian, tapi kita bisa mengarahkannya ke partisi lain atau ke folder lain dengan memspesifikasinya. Hal ini biasa terjadi di mana ketika space harddisk kita tidak cukup untuk file rwf gaussian. Oia, ini juga berguna untuk memecah file rwf gaussian juga lho.
Ada juga %int, %NoSave dll. Untuk lebih jelasnya silakan baca di manual gaussian.
Selain %rwf, ada juga perintah %nprocshared. Perintah ini untuk memspesifikasi jumlah prosesor yang akan digunakan gaussian. Jika tidak ditambahi %nprocshared, secara default gaussian akan menggunakan 1 prosesor saja. Lalu bagaimanakah jika kita memiliki kluster dengan ratusan komputer? Jawabnya adalah dengan %nproclinda (meski aku sendiri juga belum pernah coba). Dengan %nproclinda maka jumlah prosesor secara paralel dapat dispesifikasi. Sekali lagi untuk lebih jelasnya silakan baca manual gaussian.
===========================================================================
Setelah link-0 command saatnya kita membuat perintah untuk gaussian,
# sp hf/6-31g geom=connectivity scf=tight
apa tu? Tampaknya ribet ?
Ini adalah salah satu contoh perintah gaussian, sebenarnya jika tanpa perintah ini maka gaussian akan melakukan perhitungan single point dengan metode HF/STO-3G. Disinilah salah satu kunci agar gaussian bisa running.

======================================================
#==>> ini penanda command. Bisa diganti #N (tampilan output normal), #P(untuk lebih banyak lagi output yang ditampilkan) dan #T(untuk lebih sedikit lagi output yang ditampilkan).
Sp==>> single point, ini untuk melakukan perhitungan single point. Untuk geometri optimasi bisa FOPT (full optimasi) atau POPT (partial optimasi) atau OPT saja. Masih banyak lagi perintah yang bisa dijalankan tergantung kebutuhan misalnya Freq,TD,CIS dll.

Antara link-0 dengan command tidak dipisahkan oleh blank line, tapi antara comand dengan komentar input harus diberi blank line. Komentar ini dapat berisi macam-macam, misalnya keterangan apa yang sedang kita runing, nama hewan kesayangan kita, atau mungkin nama kekasih kita hehe😛. komentar ini wajib ada dalam input gaussian. Jika komentar ini tidak ada maka spesifikasi koordinat ke bawah akan dianggap sebagai komentar dan dapat dipastikan input gaussian tidak dapat di running.
Salah satu aspek penting dalam input gaussian adalah blank line. Blank line ini dianggap sebagai pemisah antara satu bagian input dengan bagian lain. Bahkan dalam spesifikasi basis set pun blank line sangat penting. Kelebihan atau kekurangan satu blank line saja bisa membuat input tidak dapat dirunning. Dalam spesifikasi basis set, kelebihan blank line akan membuat gaussian tidak dapat membaca basis set.

Bagian selanjutnya dari input adalah spesifikasi molekul

=============================================================

0 1 ————-> 0 adalah muatan molekul dan 1 adalah multiplicity (jumlah elektron tak berpasangan ditambah 1)
O
H 1 B1
H 1 B2 2 A1

B1 0.96000000
B2 0.96000000
A1 109.47122063

1 2 1.0 3 1.0
2
3

setelah multiplicity adalah atom dan koordinat., dalam contoh ini koordinat berupa z-matrix. Namun dapat juga menggunakan koordinat kartesian atau koordinat internal.
Oia, jika kita menggunakan custom basis set atau basis set yang tidak ada dalam database gaussian kita dapat menggunakan keyword gen setelah keyword metode kemudian meletakkan basis set setelah spesifikasi molekul dengan pembatas 1 blank line. Jika tidak ingin menulis dalam input cara lain yang dapat digunakan adalah dengan memberikan link ke basis set, tapi dengan syarat basis set tadi harus sefolder dengan input.
Misalnya
O
H 1 B1
H 1 B2 2 A1

B1 0.96000000
B2 0.96000000
A1 109.47122063

1 2 1.0 3 1.0
2
3

@jst.gbs
jadi basis set ditulis di file jst.gbs (bisa dibuat dengan notepad, atau teks editor lainnya) dan diletakkan dalam satu folder dengan file input.
Demikianlah overview singkat dari input gaussian. Oia, input ini dapat dibuat dengan berbagai macam cara, mau lewat gaussview, gabedit atau bahkan diketik manual pun bisa🙂
semoga bermanfaat!

One thought on “Seputar input gaussian 98/03

  1. Pingback: file format in computational chemistry « neax502 simple blog

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s