Home » GNU/Linux » Compiling avogadro 1.1 in Debian Squeeze

Compiling avogadro 1.1 in Debian Squeeze

Arsip

Kategori

Assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh..

Kemarin komputerku baru saja diinstall ulang, terpaksa karena sudah tidak ada cara lain kecuali harus install ulang. Akibatnya semua program kimia yang ada di dalamnya juga turut hilang kecuali program-program seperti NWChem, GAMESS, Espresso dll yang sengaja kusimpan di /home (/home dan / aku buat dalam dua buah partisi yang berbeda). Untuk mengumpulkan semua program itu kembali sudah tidak bisa karena berasal dari sekitar 28 CD Debian Squeeze, menginstall lewat aptitude pun akan memakan waktu lama dan kuota internet yang besar sehingga akhirnya harus mendahulukan program yang penting saja dulu seperti avogadro.

Avogadro merupakan program pemodelan molekular yang bisa digunakan untuk membuat input beberapa program kimia komputasi dan memvisualisasi hasil. Style-nya yang mirip dengan HyperChem membuatnya mudah digunakan dan mengingat itulah program yang sering kupakai akhirnya ini saja yang diinstall kembali. Menginstall avogadro sebenarnya mudah cukup dengan perintah apt-get install avogadro, tapi kali ini aku ingin mencoba versi yang lebih baru saja.

Avogadro versi terbaru adalah versi 1.1 dan menurut wiki yang ada sepertinya simpel untuk menginstallnya. Namun demikian, ternyata butuh library dan beberapa program yang cukup banyak juga -__-”. Di wiki program yang diperlukan antara lain eigen, cmake, qt4, openbabel. Pertama-tama install dulu cmake, qt4 beserta file-file development-nya.

$ sudo aptitude install libqt4-dev libxml2-dev qt4-qmake qt4-dev-tools libqt4-dev pkg-config cmake libxml2

Langkah selanjutnya, kita install eigen dan openbabel karena versi openbabel di Debian Squeeze masih 2.2.3 dan kebutuhan minimumnya adalah versi 2.3, maka aku download source openbabel 2.3.2. Install dulu eigen, eigen yang kupakai versi 2.0.15 (sebelumnya aku sudah memakai versi 3 tetapi malah gagal). Step menginstall eigen adalah sebagai berikut

1. Download dulu eigen 2.0.15.
2. ekstrak file tersebut
3. masuk ke direktori eigen dan buat folder build.
4. pindah ke build
5. gunakan perintah sudo cmake .. (semacam ./configure)
6. install dengan perintah sudo make dan dilanjutkan dengan make install (baca file INSTALL untuk mengkompilasi di multiprosesor)

jika proses ini telah berjalan maka akan ada folder eigen2 di /usr/local/include kemudian install openbabel. Langkahnya sama dengan menginstall eigen tadi. Kali ini aku tidak menginstall tanpa GUI karena jika menggunakan GUI akan membutuhkan beberapa program dan library lagi seperti wxwidget2.8.

Oke, dua dependensi yang penting sudah terinstall, sekarang saatnya kita mengkompilasi avogadro. Agar fitur python dalam avogadro bisa digunakan dan agar bisa menggunakan doxygen kita perlu beberapa tambahan library dan program lagi.

$ sudo aptitude install libboost-python-dev python-numpy-dev sip4

Langkah yang diperlukan untuk kompilasi sama dengan kompilasi eigen dan openbabel.

1. download dulu avogadro 1.1
2. ekstrak file tersebut
3. masuk ke direktori avogadro dan buat folder build
4. pindah ke build
5. gunakan perintah sudo cmake ..
6. install dengan perintah sudo make dan make install (baca file INSTALL untuk keterangan lebih lanjut)

Memang sih, threaded opengl masih belum ter-enable karena aku lupa library apa yang diperlukan untuk meng-enable fitur tersebut. Oke, cukup sekian instalasi avogadro 1.1 semoga bermanfa’at!

# screenshotnya

snapshot1

About these ads

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s

Follow

Get every new post delivered to your Inbox.

%d bloggers like this: