radial distribution function (RDF)

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh

ketemu lagi ya :), kali ini aku ingin membahas sedikit tentang analisis trajektori yang biasa dilakukan dalam simulasi dinamika molekular, terutama untuk ion-pelarut. namun, mungkin bisa juga digunakan untuk sistem yang lain.

Continue reading

antara aku, kau dan dia part 45 memories in gundam’s film

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh…

Gundam, tentu sebagian orang mengenal serial film robot dari jepang ini, termasuk saya. bisa dibilang saya juga penggemar film gundam tetapi cuma fanatik terhadap Gundam seed dan Gundam seed destiny saja. mengapa ? sederhana saja, kedua serial tersebut yang paling berkesan.
Continue reading

vmd tutorial : selection CPK and Licorice

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh…

Simulasi sudah hampir selesai, waktunya iseng-iseng membuat gambar seperti yang ada di paper dengan VMD. Setelah pusing tidak nemu caranya akhirnya langkah terakhir adalah mengontak Lorenz. Inilah jawabannya untuk membuat seleksi yang berbeda menggunakan VMD (menggunakan model CPK dan Licorice).
Continue reading

mendeley : reference manager

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh..

kali ini kita akan membahas tentang program untuk mengelola daftar pustaka. ada beberapa program yang terkenal antara lain zotero dan mendeley. karena saya belum pernah menggunakan zotero, dalam kesempatan ini kita akan membahas tentang mendeley saja ya :).
Continue reading

xmgrace tutorial : grafik dengan skala yang berbeda

assalamu’alaikum warahmatullahi wabarakatuh..

long time no updates, hari ini kita akan membuat grafik dengan skala yang berbeda di sumbu y menggunakan xmgrace. grafik ini bisa teman-teman jumpai misalnya pada penelitian tentang simulasi ion dalam larutan, terutama untuk analisis rdf (radial distribution function).
Continue reading